網(wǎng)絡對稱性及其在蛋白質(zhì)交互網(wǎng)絡中的應用.pdf_第1頁
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文檔簡介

1、后基因組時代，基因序列已經(jīng)被破譯，但生物功能的奧秘還沒有解開。隨著生物實驗技術的快速發(fā)展，產(chǎn)生了大量的蛋白質(zhì)交互網(wǎng)絡數(shù)據(jù)，它蘊含著蛋白質(zhì)之間相互作用的重要信息。利用蛋白質(zhì)交互網(wǎng)絡數(shù)據(jù)來預測具有顯著生物功能模塊在生物功能基因組研究中具有重要的理論和現(xiàn)實意義。
　　在傳統(tǒng)的生物功能模塊檢測中，往往把蛋白質(zhì)交互網(wǎng)絡當成一個普通的網(wǎng)絡，蛋白質(zhì)對應網(wǎng)絡中的頂點，交互對應其中的邊。應用Jaccard系數(shù)、邊的中心性等傳統(tǒng)的網(wǎng)絡度量來對蛋白質(zhì)交

2、互網(wǎng)絡拓撲特性進行研究。而事實上蛋白質(zhì)交互網(wǎng)絡是一個富含生物結構的網(wǎng)絡，不能僅僅考慮其拓撲度量，更應該考慮其結構度量。本文提出了一種基于結構的對稱性度量 DS(Degree-Symmetry)。研究了對稱性度量 DS與蛋白質(zhì)交互網(wǎng)絡中的弱連接效應和拓撲相似性之間的關系。使用對稱性度量 DS建立了可信的虛擬網(wǎng)絡，并在此基礎上提出了一種“核－附件”生物功能模塊檢測方法。
　　本文使用蛋白質(zhì)交互網(wǎng)絡數(shù)據(jù)進行了實驗，實驗結果表明對稱性度量

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