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文檔簡介
1、利迪鏈菌素一直被作為RNA聚合酶抑制劑進行研究,而未曾有報道指出其對HIV-1蛋白酶的抑制活性及其機理.本實驗發(fā)現(xiàn)其對HIV-1蛋白酶的生物活性具有一定程度的抑制作用.由于現(xiàn)在并沒有得到利迪鏈菌素/HIV-1蛋白酶復合物結晶,因此二者的相互作用機理并不清楚,本文用分子對接的方法對利迪鏈菌素抑制HIV-1蛋白酶活性的機理進行了研究.從利迪鏈菌素和HIV-1蛋白酶的晶體結構出發(fā),通過構象搜索等過程消除了初始構象對分子對接過程的影響.為了更準
2、確地反映利迪鏈菌素分子與酶蛋白結合的情況,本文充分考慮受體活性部位的柔性,建立了初步對接一精確對接的分子對接方法,分兩步將配體與受體進行對接.并且,在初步對接中,參考了文獻報道,設計了不同的受體活性部位來考察是否有結合水分子參與抑制劑與酶的結合.對一種作用方式已知的非肽類HIV-1蛋白酶抑制劑Aha006進行的對接研究結果顯示,分子模擬的結果與實際情況吻合的較好,證明了本文所采用的兩步對接方法的可靠性. 利迪鏈菌素與蛋白酶活性部
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