骨幾何學(xué)參數(shù)和脂肪含量的雙變量全基因組關(guān)聯(lián)研究.pdf

1、肥胖癥和骨質(zhì)疏松癥都屬于復(fù)雜疾病，它們已經(jīng)成為全球主要的影響公共健康的問題。骨質(zhì)疏松癥是一種很常見的疾病，它的特點(diǎn)是骨強(qiáng)度下降，以及骨折的風(fēng)險(xiǎn)會(huì)隨著年齡的增長(zhǎng)而增加。肥胖是一種體內(nèi)積聚了過多脂肪的疾病，通常還造成患者一些常見疾病的風(fēng)險(xiǎn)增加。骨幾何學(xué)是骨骼的重要參數(shù)，脂肪含量百分?jǐn)?shù)(PFM)則是肥胖的重要參數(shù)。股骨頸處的骨幾何學(xué)參數(shù)(FNGPs)如：骨直徑(W)、皮質(zhì)厚度(CT)、截面面積(CSA)、截面系數(shù)(Z)和曲率(BR)等與脂肪含

2、量百分?jǐn)?shù)具有很高的遺傳相關(guān)性，但對(duì)同時(shí)調(diào)控這兩種表型的SNP或基因我們還知之甚少。現(xiàn)已證明檢測(cè)多效基因用雙變量分析方法較為有效，因此，我們?cè)谝淮髽颖玖康闹袊?guó)人群中進(jìn)行雙變量全基因組關(guān)聯(lián)分析(GWAS)，以鑒定FNGPs與PFM共同的調(diào)控SNP或基因。
　　 本研究中所采用的樣本由1627位(男性802位，女性825位)無血緣關(guān)系的成年漢族人組成。FNGPs可由骨密度和骨大小計(jì)算得到，因此，本研究采用雙能X射線骨密度儀對(duì)他們的脂肪

3、含量百分?jǐn)?shù)(PFM)和股骨頸(FN)處的骨密度(BMD)與骨大小進(jìn)行測(cè)量。我們所采用的基因分型，是Affymetrix公司的人類基因組SNP6.0分型芯片，共測(cè)定了約90萬個(gè)SNPs，從中選擇了689368個(gè)用于后續(xù)的關(guān)聯(lián)研究。本研究采用R軟件進(jìn)行基于線性模型的雙變量回歸分析來檢測(cè)SNP同時(shí)與PFM和FNGPs的相關(guān)度。
　　 我們發(fā)現(xiàn)10個(gè)SNP可能同時(shí)與FNGPs和PFM相關(guān)，其中rs7995696位于基因LINC00540

4、(長(zhǎng)基因間非編碼蛋白R(shí)NA540)上，與兩個(gè)表型的雙變量關(guān)聯(lián)p值為7.68×10-4(PFM-Z)，然后在美國(guó)白人中對(duì)它進(jìn)行驗(yàn)證分析，發(fā)現(xiàn)驗(yàn)證p值為0.023，也達(dá)到了0.05的顯著水平。通過薈萃分析合并結(jié)果，得到相應(yīng)的p值為2.87×10-6。另兩個(gè)SNP：rs4127398和rs4908185，在五個(gè)表型對(duì)里的初始p值均達(dá)到了10-6水平，范圍分別從9.88×10-7到6.26×10-6，5.03×10-6到9.85×10-6。其中

5、，基因PIWIL4，AMOTL1分別位于rs4127398上游約50kb處和下游100kb處，rs4908185位于基因OLFM3內(nèi)含子區(qū)域中。此外，我們還發(fā)現(xiàn)另一包含7個(gè)SNP的連鎖群，它在染色體上的跨度約為60Kb，包含基因MAGEA1，這個(gè)連鎖群也同時(shí)與FNGPs和PFM相關(guān)。7個(gè)SNP雙變量分析(PFM-W)的p值介于4.13×10-6和9.98×10-6之間。
　　 本研究結(jié)果顯示基因LINC00540，WAGEA1，