‘無(wú)子甌柑’InDel和SV標(biāo)記開(kāi)發(fā).pdf

1、‘無(wú)子甌柑’是普通甌柑的芽變，果實(shí)無(wú)核，且具有普通甌柑(Citrus suavissima Hort.ex Tanaka)的所有優(yōu)良性狀，果實(shí)極耐貯藏。無(wú)核水果在國(guó)內(nèi)和國(guó)際市場(chǎng)上占據(jù)重要地位，研究果實(shí)的無(wú)核機(jī)理，為柑橘屬無(wú)子品種的開(kāi)發(fā)具有重要理論指導(dǎo)意義。
　　本研究對(duì)‘無(wú)子甌柑’及其野生型甌柑葉片進(jìn)行全基因組重測(cè)序分析，獲得InDel及SV多態(tài)性，開(kāi)發(fā)了基于PCR方法的分子標(biāo)記。將這些標(biāo)記運(yùn)用到減數(shù)分裂異常相關(guān)基因的定位，取得的

2、主要研究成果如下:
　　(1)經(jīng)全基因組重測(cè)序分析，有子甌柑和‘無(wú)子甌柑’與參考基因組之間共獲得約2,729，553個(gè)SNP，276，205個(gè)InDel，平均每個(gè)個(gè)體獲得18，896個(gè)SV變異。在有子甌柑和‘無(wú)子甌柑’所有的Contig中分別得到2，615，477個(gè)和2，573，968個(gè)SNP位點(diǎn)，其中轉(zhuǎn)換類(lèi)型的SNP位點(diǎn)1，705，820個(gè)和1，680，199個(gè)，占總數(shù)的65.22％和65.28％。顛換類(lèi)型的SNP位點(diǎn)909，6

3、57個(gè)和893，769個(gè)，占總數(shù)的34.78％和34.72％。
　　(2)基于全基因組重測(cè)序數(shù)據(jù)，我們分析了InDel的分布情況，對(duì)InDel變異進(jìn)行了篩選，采用PCR擴(kuò)增、聚丙烯酰胺凝膠電泳等方法驗(yàn)證了有子甌柑與‘無(wú)子甌柑’InDel，共發(fā)現(xiàn)99個(gè)InDel位點(diǎn)，設(shè)計(jì)了84對(duì)PCR引物。通過(guò)InDel的注釋?zhuān)覀儼l(fā)現(xiàn)了5個(gè)與減數(shù)分裂相關(guān)的基因:MYB063，NAC DOMAIN，SMC，XRI1，AGO5。
　　(3)全基

4、因組重測(cè)序數(shù)據(jù)分析，有子甌柑與‘無(wú)子甌柑’中分別檢測(cè)到19，283個(gè)和18，509個(gè)SV，其中插入變異分別為1，587個(gè)和1，853個(gè)，占8.23％和10.01％;缺失分別有11，705個(gè)和10，861個(gè)占60.7％和58.68％;反轉(zhuǎn)分別有328個(gè)和346個(gè)，占1.7％和1.87％;染色體內(nèi)異位分別有1，307個(gè)和1，275個(gè)，占6.78％和6.89％;染色體間異位分別有4，356個(gè)和4，174個(gè)，占22.59％和22.55％。篩選5