PDB中含9肽HLA-A-0201分子復合體結晶數(shù)據(jù)和結構差異性分析.pdf

1、目的：了解HLA-A*0201(HLA-A2)分子結構數(shù)據(jù)中蘊藏的信息，為抗原肽與HLA-A2分子對接(Docking)提供約束規(guī)則和選擇對接后備選抗原肽構象提供參考。方法：從蛋白質(zhì)結構數(shù)據(jù)庫PDB中下載所有HLA-A分子的數(shù)據(jù)，然后利用VFP編程對HLA-A分子結構數(shù)據(jù)進行篩選，利用InsightⅡ軟件中的Biopolymer模塊對所得的HLA-A2分子進行加氫。分析與抗原肽不同距離范圍內(nèi)HLA-A2分子上的氨基酸殘基接觸頻次，以及對

2、抗原肽Cα間的距離進行統(tǒng)計。比較TCR存在與否，對識別相同抗原肽序列的HLA-A2分子的結合凹槽間的原子坐標均方根偏差(RMSD)、抗原肽的RMSD。比較結合不同抗原肽的HLA-A2結合凹槽間的RMSD。利用NCBI-Blastp和ClustalX分析，識別抗原肽序列相同及僅有個別殘基不同的T細胞抗原受體(TCR)的互補決定區(qū)3(CDR3)序列間的差異。結果：1)篩選到26個帶9肽的HLA-A*0201分子。2)抗原肽結構呈現(xiàn)兩端錨著殘

3、基插入HLA分子抗原結合凹槽的袋中，中間隆起，且第2位主要為疏水殘基Leu或Ile(25/26)，第9位一般為Leu或Val(25/26)。3)抗原肽第1肽位(position1，P1)、P2、P3與HLA形成氫鍵數(shù)相當，分別為82、80、86(HLA-A2分子復合體中1個為四聚體，15個為兩聚體，10個為單體)，且它們與HLA接觸較其它位點緊密。4)抗原肽上部分Cα間距離呈正態(tài)分布。5)在距抗原肽0.25nm內(nèi)，接觸頻次高于90％的H

4、LA氨基酸殘基有：Tyr7、Glu63、Lys66、His70、Thr73、Ser77、Leu81、Tyr99、Thr143、Trp147和Tyr171。6)結合TCR的HLA結合凹槽間的RMSD與未結合者之間比較，有顯著性差異(P＜0.001)；結合不同抗原肽的HLA結合凹槽間的RMSD值與結合相同抗原肽者比較，無顯著性差異(P＞0.05)。7)識別相同抗原肽的TCR可變區(qū)CDR3也存在差異。結論：1)HLA-A2分子遞呈的抗原肽在結