中國患者乙肝病毒基因型及其CpG島研究.pdf

1、【研究背景及目的】
　　乙型肝炎是一種由乙型肝炎病毒（Hepatitis B Virus,HBV）引起、對人類生命健康造成嚴(yán)重威脅的傳染性疾病。HBV感染已經(jīng)成為全球性的公共健康問題，它可引起慢性肝病并因可能發(fā)展成肝癌和肝硬化給人們帶來死亡的風(fēng)險。據(jù)估計，在世界范圍內(nèi)有20億人曾經(jīng)感染過乙肝病毒，在中國有9,300萬人為慢性乙肝病毒感染者。一些研究證實(shí)，在HBV感染過程中，啟動子、增強(qiáng)子和其他順式作用元件通過CpG島甲基化調(diào)控著病

2、毒RNA的轉(zhuǎn)錄、病毒蛋白的產(chǎn)生和病毒的復(fù)制；CpG島即使低水平的甲基化也保持有降低病毒蛋白產(chǎn)生的能力。還有研究發(fā)現(xiàn)，與基因型B相比，基因型C與侵襲性肝病更為相關(guān)；基因型C患者罹患肝癌和肝硬化的風(fēng)險比基因型B患者更高。本研究通過對中國患者HBV序列CpG島在基因型B和C中的分布、HBV正常和突變序列間CpG島長度的差異、HBV CpG島II的遺傳學(xué)特征以及CpG島在不同HBV相關(guān)肝病HBV序列中的密度進(jìn)行分析，目的在于更好地了解CpG島在

3、HBV表觀遺傳調(diào)控機(jī)制中的作用。
　　【材料與方法】
　　用“HBV”、“中國”和“全基因組”作為關(guān)鍵詞，從美國國家生物信息中心基因庫中檢索收集至2013年10月30日為止的HBV序列。相關(guān)背景資料包括序列長度、所在區(qū)域、基因型/亞基因型、來源、開讀框架定位和基因功能。排除長度短于3050堿基對或背景資料不全的HBV序列。
　　320條HBV序列來自HBV感染患者的血清，涉及5種HBV相關(guān)肝?。喊毙砸倚透窝?n=2

4、6,8.1％)、慢性乙型肝炎(n=200,62.5%)、肝細(xì)胞肝癌(n=28,8.8%)、乙型肝炎肝硬化(n=18,5.6%)和HBV引起的急慢性肝衰竭(n=48,15.0%)。序列含有功能正常的基因或者具有明確定義的突變。應(yīng)用CLUSTALX1.83和Mega5.0程序進(jìn)行多序列比對和進(jìn)化分析。
　　應(yīng)用MethPrimer軟件對HBV的CpG島進(jìn)行預(yù)測，CpG島分析的參數(shù)設(shè)定為：（1） GC含量≥0.5;（2）CpG島觀察與預(yù)

5、期的比值≥0.6；（3）片段長度≥100 bps。
　　應(yīng)用SPSS軟件（18.0版）進(jìn)行獨(dú)立T檢驗(yàn)來評估CpG島在HBV相關(guān)肝病基因型B和C間的分布是否存在統(tǒng)計學(xué)差異。P<0.05表示二者間差異顯著。
　　【結(jié)果】
　　1.320條序列分為基因型B(n=82,25.6%)和基因型C(n=238,74.4%)。在基因型B的82條序列中，有28條正常序列和54條突變序列；在基因型C的238條序列中，有74條正常序列和16

6、4條突變序列。
　　2.72%的基因型B序列含有常規(guī)CpG島I、II和III，76.1%的基因型C序列僅含有CpG島II和III。14.6%的基因型B和7.5%的基因型C序列含有新見CpG島IV、V和VI。
　　3.在基因型B的序列中，正常序列和突變序列間常規(guī)CpG島的長度存在明顯差異；在基因型C的序列中，這種差異不明顯。在基因型B和C中均觀察到新見CpG島IV，而新見CpG島V和VI只出現(xiàn)在基因型C中，它們的正常序列和突變

7、序列間CpG島的長度具有明顯差異。
　　4.對CpG島II分析發(fā)現(xiàn)，它可被“截短”和“中斷”?！敖囟獭眳^(qū)域的突變可能與HBV基因的結(jié)構(gòu)或功能異常有關(guān)?；蛐虰序列CpG島II的“中斷”頻率比基因型C的高得多。
　　5.對不同基因型HBV相關(guān)的肝臟疾病分析，發(fā)現(xiàn)來自肝細(xì)胞癌和乙型肝炎肝硬化的基因型C序列缺乏CpG島I和CpG島IV。
　　【結(jié)論】
　　CpG島在HBV基因型B和C序列中的分布、HBV正常序列和突變序