應用內(nèi)鏡下活檢組織對結(jié)直腸癌的定量蛋白質(zhì)組學研究.pdf

1、目的:應用結(jié)腸鏡下活檢組織對結(jié)直腸癌組織及配對癌旁組織進行非標記定量蛋白質(zhì)組學分析,篩選及鑒定兩組樣本之間的差異表達蛋白,為結(jié)直腸癌發(fā)病機制和腫瘤標志物的發(fā)現(xiàn)提供有益線索。
　　方法:
　　1.收集上海交通大學附屬第六人民醫(yī)院結(jié)腸鏡下表現(xiàn)為結(jié)直腸癌患者的癌組織及配對癌旁組織(距癌組織遠端至少5cm)活檢樣本各6例,經(jīng)病理診斷均為結(jié)直腸腺癌。采用離心式蛋白組學反應器方法進行樣本制備后,使用納升級液相色譜串聯(lián)質(zhì)譜(NanoLC-

2、MS/MS)及非標記定量蛋白質(zhì)組學技術(shù)篩選及鑒定兩組之間的差異蛋白,并對其進行生物信息學分析。
　　2.從差異蛋白中選出以往未被發(fā)現(xiàn)和驗證過的PRELP、SOD3蛋白和已被驗證過的NGAL、S100A8蛋白,采用Western Blot方法進行驗證。
　　結(jié)果:
　　1.應用非標記定量技術(shù)共鑒定出2619個蛋白,在結(jié)直腸癌組織和癌旁組織中分別鑒定出2281和2266個蛋白,374個蛋白在兩組中表達水平有顯著差異(P<0

3、.05),其中181個蛋白在癌組織中表達上調(diào),193個蛋白表達下調(diào)。生物信息學分析結(jié)果顯示鑒定到的蛋白質(zhì)主要存在于細胞質(zhì)中(52.9％),參與多種生物過程,如細胞代謝和物質(zhì)轉(zhuǎn)運等。KEGG結(jié)果顯示這些蛋白參與21種信號轉(zhuǎn)導通路,其中匹配率最高的是核糖體通路及氧化磷酸化通路。
　　2. Western Blot結(jié)果顯示在結(jié)直腸癌組織中PRELP、SOD3表達下調(diào),NGAL、S100A、表達上調(diào),驗證結(jié)果與蛋白質(zhì)組學結(jié)果一致。

4、　　結(jié)論:
　　1.本實驗共鑒定出2619個蛋白,374個差異蛋白,這些蛋白覆蓋多種亞細胞部位,涉及多種生物過程和信號轉(zhuǎn)導通路,這些結(jié)果可能為今后結(jié)直腸癌發(fā)病機制的研究提供有益線索。
　　2.在結(jié)直腸癌組織中PRELP、SOD3表達下調(diào), NGAL、S100A8表達上調(diào),這些差異蛋白可能參與了結(jié)直腸癌的發(fā)生發(fā)展過程,有可能成為結(jié)直腸癌的早期診斷標記物。
　　3.內(nèi)鏡下活檢結(jié)合非標記定量蛋白質(zhì)組學技術(shù)的方法可以用于結(jié)直腸