扁彎口吸蟲、中華許氏絳蟲、短頸鯉蠢絳蟲線粒體基因組全序列的測定及分析.pdf

1、我國寄生蟲病的種類多樣，分布廣泛，且感染率較高，不僅危害動物體健康，也危害著人類的健康。扁彎口吸蟲、中華許氏絳蟲、短頸鯉蠢絳蟲作為水產(chǎn)養(yǎng)殖魚類的重要寄生蟲，目前對它們的研究主要集中在蟲體形態(tài)結(jié)構(gòu)、流行病學(xué)診斷和寄生蟲病防治方面，而對其分子水平的研究較少，尤其是對其完整線粒體基因組方面的研究還未見報道。而線粒體 DNA是研究生物分子分類、動物的群體遺傳、系統(tǒng)的分類等方面的一種理想標(biāo)記。因此，本研究以扁彎口吸蟲、中華許氏絳蟲、短頸鯉蠢絳蟲為

2、研究對象，利用分子生物學(xué)方法，分別獲得了它們的線粒體基因組全序列，并分析基因組的堿基組成、排列順序、密碼子的使用及系統(tǒng)發(fā)育分析等。
　　利用酚-氯仿抽提法提取蟲體 DNA，依據(jù)保守區(qū)的序列設(shè)計引物，把基因組劃分為多個片段，片段間有重疊區(qū)部分，再通過PCR擴(kuò)增出線粒體的特定片段，經(jīng)過純化之后直接進(jìn)行測序，然而由于PCR產(chǎn)物在直接測序時，引物端約有幾十個堿基是測不出來的，因此需要將PCR的產(chǎn)物克隆，挑選3~5個克隆產(chǎn)物，使用通用引物測

3、序，從而獲得完整的序列信息，最后將所得到的序列拼接成完整的基因組全序列。對基因組進(jìn)行分析，用 MEGA6.0軟件采用最大似然法繪制進(jìn)化樹。得到的結(jié)果如下：
　　1.通過本研究，首次獲得了扁彎口吸蟲線粒體基因組全序列，并對它們的特征進(jìn)行了分析，豐富了吸蟲線粒體全基因組數(shù)據(jù)庫，基于氨基酸水平的系統(tǒng)發(fā)育樹從分子水平上探討了扁彎口吸蟲與其他吸蟲的進(jìn)化關(guān)系。扁彎口吸蟲線粒體基因組大小為13796bp，包含12個編碼蛋白質(zhì)基因(PCG)，2個

4、rRNA，22個tRNA以及1個非編碼區(qū)(NCR)，AT含量64.29％，密碼子具有堿基偏好性，以ATG和GTG作為起始密碼子，TAG、TAA和T作為終止密碼子，TTT(F)的使用頻率最高，具有吸蟲線粒體基因組的一般特征。系統(tǒng)發(fā)育分析表明，扁彎口吸蟲呈獨立的一支，相比較而言，不能得出其與所選的任意科的吸蟲關(guān)系更近。
　　2.通過本研究，首次獲得了中華許氏絳蟲和短頸鯉蠢絳蟲線粒體基因組全序列，并對它們的特征進(jìn)行了分析，豐富了絳蟲線粒

5、體全基因組數(shù)據(jù)庫，基于氨基酸水平的系統(tǒng)發(fā)育樹從分子水平上探討了二種絳蟲與其他吸蟲的進(jìn)化關(guān)系。中華許氏絳蟲和短頸鯉蠢絳蟲線粒體基因組大小分別為13759bp，14504bp，都有12個編碼蛋白質(zhì)基因(PCG)，2個rRNA，22個tRNA以及2個非編碼區(qū)，AT含量分別為60.30%和63.29%，密碼子都具有堿基偏好性，且都以ATG和GTG作為起始密碼子，TAG、TAA和T作為終止密碼子，TTT(F)的使用頻率最高，且兩者的非編碼區(qū)位置相