3個(gè)貴州地方豬品種CNV多態(tài)性及其與繁殖性狀的相關(guān)性研究.pdf

1、本文采用Illumina公司生產(chǎn)的PorcineSNP60芯片對(duì)120頭香豬和柯樂(lè)豬進(jìn)行SNP檢測(cè)，利用CNVRuler和PennCNV等軟件進(jìn)行CNVR的推測(cè)，得到213個(gè)CNVR。選擇香豬高產(chǎn)群和低產(chǎn)群有差異的6個(gè)CNV候選位點(diǎn)，進(jìn)行后續(xù)的群體多態(tài)性研究。以實(shí)時(shí)熒光定量 PCR（qPCR）方法，測(cè)定香豬高、低產(chǎn)群基因組中6個(gè)CNV候選位點(diǎn)的拷貝數(shù)變化，并與柯樂(lè)豬、大白豬和糯谷豬三個(gè)豬品種相比較。獲得主要結(jié)果包括：
　　1、CN

2、V36：從香豬基因組中檢測(cè)到CNV36的拷貝數(shù)存在多態(tài)性變化，高產(chǎn)群體中以拷貝數(shù)增加為主，低產(chǎn)群體中以拷貝數(shù)缺失為主（P<0.01），柯樂(lè)豬、大白豬、糯谷豬3個(gè)豬品種的CNV36拷貝數(shù)以增加為主，且增加的比例分別為：54.28％、76.31%、54.54%。相關(guān)性分析結(jié)果表明，香豬CNV36的拷貝數(shù)與其胸圍呈弱相關(guān)，糯谷豬的CNV36拷貝數(shù)與其體寬、胸圍呈弱相關(guān)。
　　2、CNV74：香豬高產(chǎn)群體的CNV74以拷貝數(shù)增加為主，低產(chǎn)

3、群體以拷貝數(shù)缺失為主（P<0.01），柯樂(lè)豬、大白豬、糯谷豬3個(gè)豬品種的CNV74以缺失為主，缺失比例分別為：80.55%、89.65%、77.27%。香豬CNV74拷貝數(shù)與其乳頭數(shù)、一胎、二胎、三胎產(chǎn)仔數(shù)呈弱相關(guān)關(guān)系。
　　3、CNV86：在香豬高、低產(chǎn)群的CNV86均以拷貝數(shù)增加為主，之間差異不顯著（P>0.05）；柯樂(lè)豬、大白豬、糯谷豬3個(gè)豬品種的CNV86拷貝數(shù)以缺失為主。糯谷豬CNV86拷貝數(shù)與其胸圍有弱的正相關(guān)關(guān)系，柯

4、樂(lè)豬CNV86的拷貝數(shù)與其體高、管圍呈弱的負(fù)相關(guān)，與體長(zhǎng)、體寬、體重、胸圍呈中度負(fù)相關(guān)。
　　4、CNV101：兩個(gè)香豬群體的CNV101均以拷貝數(shù)缺失為主（P>0.05），柯樂(lè)豬、大白豬、糯谷豬3個(gè)豬品種的CNV101拷貝數(shù)以缺失為主。香豬CNV101的拷貝數(shù)與其體長(zhǎng)弱相關(guān)，柯樂(lè)豬CNV101拷貝數(shù)與其體高、體長(zhǎng)、體寬、體重、胸圍、管圍呈弱相關(guān)關(guān)系，糯谷豬CNV101拷貝數(shù)與體寬、體重呈一定的弱相關(guān)關(guān)系。
　　5、CNV1

5、39：在香豬高產(chǎn)群及低產(chǎn)群的CNV139拷貝數(shù)均以增加為主，柯樂(lè)豬、大白豬、糯谷豬3個(gè)豬品種的CNV139拷貝數(shù)以缺失為主，缺失比例分別為：86.67%、75.86%、72.73%。糯谷豬CNV139的拷貝數(shù)與體寬、胸圍之間存在弱的負(fù)相關(guān)關(guān)系。
　　6、CNV154：香豬高產(chǎn)群CNV154的拷貝數(shù)以增加為主，低產(chǎn)群體以拷貝數(shù)缺失為主，之間的差異極顯著（P<0.01），柯樂(lè)豬、大白豬、糯谷豬的CNV154以缺失為主。相關(guān)性分析結(jié)果表

6、明，香豬CNV154拷貝數(shù)與其乳頭數(shù)、一胎、二胎、三胎產(chǎn)仔數(shù)呈弱相關(guān)關(guān)系，柯樂(lè)豬CNV154拷貝數(shù)與體寬呈弱的負(fù)相關(guān)，糯谷豬CNV154拷貝數(shù)與其體寬和胸圍呈弱相關(guān)。
　　7、采用qPCR方法，對(duì)CNV74和CNV154中包含的MTHFSD、PHB基因的表達(dá)水平進(jìn)行了檢測(cè)。兩個(gè)基因的mRNA水平與基因組的拷貝數(shù)變化趨勢(shì)相一致，表明這兩個(gè)CNV基因組水平的拷貝數(shù)變異影響到其中基因的表達(dá)量，對(duì)從江香豬的繁殖性能可能有一定的調(diào)節(jié)作用。<