基于RNA-Seq技術(shù)的栽培和野生番茄轉(zhuǎn)錄組分析.pdf

1、番茄生長(zhǎng)周期短，果實(shí)營(yíng)養(yǎng)豐富，富含多種維生素，是人們?nèi)粘Ｉ钪胁豢苫蛉钡囊环N蔬菜，另外番茄與擬南芥等模式生物的親緣關(guān)系比較遠(yuǎn)，果實(shí)成熟周期短，因此番茄也被作為研究果實(shí)成熟的模式生物。隨著對(duì)番茄需求量的逐漸增加，培育優(yōu)良品種、提高產(chǎn)量已經(jīng)成為研究者們?nèi)找骊P(guān)注的問(wèn)題。目前，對(duì)番茄的研究主要集中在栽培和野生番茄對(duì)耐鹽性、抗旱性、抗低溫性、果實(shí)營(yíng)養(yǎng)成分的差異上?；谇叭藢?duì)兩種番茄差異性狀的研究，本文主要對(duì)栽培和野生番茄在轉(zhuǎn)錄組水平上進(jìn)行研究。通

2、過(guò)RNA-Seq技術(shù)，對(duì)番茄的全轉(zhuǎn)錄組進(jìn)行分析，主要工作內(nèi)容如下:
　　首先，對(duì)番茄轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)進(jìn)行質(zhì)量檢控，并進(jìn)行后續(xù)的比對(duì)、組裝，組裝之后得到388666個(gè)轉(zhuǎn)錄本，并對(duì)轉(zhuǎn)錄本的長(zhǎng)度分布情況進(jìn)行了統(tǒng)計(jì)分析。另外，不同組織中轉(zhuǎn)錄本的表達(dá)量相差很大，表達(dá)量高的轉(zhuǎn)錄本主要集中在花、果實(shí)、根和營(yíng)養(yǎng)組織中。
　　其次，分析了栽培和野生番茄的差異表達(dá)基因。預(yù)測(cè)得到126個(gè)上調(diào)的差異表達(dá)基因和87個(gè)下調(diào)的差異表達(dá)基因。對(duì)差異表達(dá)基因進(jìn)行G

3、O功能注釋和Pathway分析，從而確定這些差異表達(dá)基因的功能和生物學(xué)途徑，其主要富集在光收集復(fù)合物、質(zhì)膜聚光復(fù)雜度、淀粉和蔗糖代謝、亞麻酸代謝，生物合成氨基酸等。另外，還對(duì)各個(gè)組織中的差異表達(dá)基因進(jìn)行GO注釋，從而確定不同組織中差異表達(dá)基因的功能。
　　最后，預(yù)測(cè)了554個(gè)差異表達(dá)長(zhǎng)非編碼RNA和426個(gè)mRNA，并進(jìn)行了統(tǒng)計(jì)分析。通過(guò)構(gòu)建長(zhǎng)非編碼RNA和mRNA的共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)，進(jìn)一步篩選出與長(zhǎng)非編碼RNA相關(guān)的mRNA，并對(duì)這些