基于RNA-Seq技術(shù)的栽培和野生番茄轉(zhuǎn)錄組分析.pdf

1、番茄生長周期短，果實營養(yǎng)豐富，富含多種維生素，是人們?nèi)粘Ｉ钪胁豢苫蛉钡囊环N蔬菜，另外番茄與擬南芥等模式生物的親緣關(guān)系比較遠，果實成熟周期短，因此番茄也被作為研究果實成熟的模式生物。隨著對番茄需求量的逐漸增加，培育優(yōu)良品種、提高產(chǎn)量已經(jīng)成為研究者們?nèi)找骊P(guān)注的問題。目前，對番茄的研究主要集中在栽培和野生番茄對耐鹽性、抗旱性、抗低溫性、果實營養(yǎng)成分的差異上?；谇叭藢煞N番茄差異性狀的研究，本文主要對栽培和野生番茄在轉(zhuǎn)錄組水平上進行研究。通

2、過RNA-Seq技術(shù)，對番茄的全轉(zhuǎn)錄組進行分析，主要工作內(nèi)容如下:
　　首先，對番茄轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)進行質(zhì)量檢控，并進行后續(xù)的比對、組裝，組裝之后得到388666個轉(zhuǎn)錄本，并對轉(zhuǎn)錄本的長度分布情況進行了統(tǒng)計分析。另外，不同組織中轉(zhuǎn)錄本的表達量相差很大，表達量高的轉(zhuǎn)錄本主要集中在花、果實、根和營養(yǎng)組織中。
　　其次，分析了栽培和野生番茄的差異表達基因。預(yù)測得到126個上調(diào)的差異表達基因和87個下調(diào)的差異表達基因。對差異表達基因進行G

3、O功能注釋和Pathway分析，從而確定這些差異表達基因的功能和生物學(xué)途徑，其主要富集在光收集復(fù)合物、質(zhì)膜聚光復(fù)雜度、淀粉和蔗糖代謝、亞麻酸代謝，生物合成氨基酸等。另外，還對各個組織中的差異表達基因進行GO注釋，從而確定不同組織中差異表達基因的功能。
　　最后，預(yù)測了554個差異表達長非編碼RNA和426個mRNA，并進行了統(tǒng)計分析。通過構(gòu)建長非編碼RNA和mRNA的共表達網(wǎng)絡(luò)，進一步篩選出與長非編碼RNA相關(guān)的mRNA，并對這些