烏珠穆沁綿羊MEF2B,RIPK2,CAMKMT基因多態(tài)性與生長性狀的關聯(lián)分析.pdf

1、前期全基因組關聯(lián)分析（GWAS）結果顯示，在全基因組水平上與斷奶后日增重顯著相關的SNP位點s58995.1位于MEF2B基因內，OAR9_91721507.1位點位于RIPK2基因內， OAR3_84073899.1位于CAMKMT基因內。本研究在343只烏珠穆沁綿羊試驗群體中，選取30個綿羊血液DNA樣本，以相同濃度組成混池DNA，設計引物對MEF2B、RIPK2、CAMKMT外顯子及其上下游1000bp的調控區(qū)進行PCR擴增，PC

2、R產物檢測為目的條帶后測序。本研究通過使用DNAMAN和Chromas2軟件對測序峰圖進行分析；采用飛行質譜方法對檢測到的SNP位點及前期GWAS得到的SNP位點進行基因型分型；使用Haploview軟件對多態(tài)位點進行單倍型構建及連鎖不平衡分析。使用SPSS（22.0）軟件進行候選基因SNP位點與生長性狀的關聯(lián)分析。主要獲得了以下結果：
　　1．混池測序結果
　　在MEF2B基因下游調控區(qū)發(fā)現(xiàn)一個SNP位點（rs417014

3、745 A>G）,在RIPK2基因的第四外顯子上發(fā)現(xiàn)一個同義突變 rs160673968A>G，在第七外顯子上發(fā)現(xiàn)了一個錯義突變 rs417014745 A>G，在第十外顯子處發(fā)現(xiàn)一個同義突變 rs419478383C>T，在上游調控區(qū)發(fā)現(xiàn)一個 SNP位點g.5182G>C，在CAMKMT基因共發(fā)現(xiàn)5個SNPs位點，其中，上游調控區(qū)發(fā)現(xiàn)突變rs405040355C>A，在第五外顯子處發(fā)現(xiàn)一個錯義突變 rs411221065G>A，在第八

4、外顯子處發(fā)現(xiàn)一個錯義突變rs162300069A>G，在下游調控區(qū)發(fā)現(xiàn)兩個SNPs位點rs404399494G>A和rs418513655C>G。
　　2．候選基因與烏珠穆沁綿羊生長性狀的關聯(lián)分析
　　MEF2B基因下游調控區(qū)G→A（rs417014745 A>G）的突變位點與烏珠穆沁綿羊四月齡體重和胸圍極顯著相關（P<0.01）,與六月齡體重顯著相關（P<0.05）與六月齡胸圍極顯著相關（P<0.01）。
　　RIP

5、K2基因的rs160673968A>G位點雜合子AG基因型個體在四月齡體重和胸圍上均顯著優(yōu)于其他兩種基因型個體（P<0.05）。在rs162034551T>C位點錯義突變上，突變型CC基因型個體在四月齡體重、體高、體斜長和胸圍上顯著優(yōu)于其他兩個基因型個體（P<0.05）。g.5182G>C突變位點 GG基因型個體在四月齡體重和胸圍上均顯著高于其他兩個基因型的個體（P<0.05）。g.4456C>T位點是GWAS得到的SNP位點，該位點C

6、C基因型的個體在四月齡體重上與其他兩個基因型的個體差異顯著（P<0.05）。
　　CAMKMT基因的rs411221065G>A位點GG和AA基因型個體與GA基因型的個體在六月齡胸圍上差異顯著（ P<0.05）。rs162300069A>G位點與四月齡和六月齡的體重和胸圍顯著相關（P<0.05）。rs404399494G>A位點三個基因型個體在四月齡體重和胸圍上差異顯著（P<0.05）,在六月齡胸圍上有顯著差異（P<0.05）。對

7、于rs418513655C>G位點，該位點三個基因型的個體在四月齡體重和胸圍上有顯著差異（P<0.05），在六月齡體重、胸圍和胸寬上有顯著差異（P<0.05）。對于rs420220919 A>G位點，該位點AA基因型和AG、GG基因型的個體在四月齡體重上也有顯著差異（P<0.05）。
　　3.合并基因型與烏珠穆沁綿羊生長性狀的關聯(lián)分析
　　連鎖不平衡分析結果顯示，RIPK2基因中rs160673968A>G與rs162034

8、551T>C之間強連鎖， CAMKMT基因中rs162300069A>G與rs420220919 A>G之間強連鎖。
　　根據連鎖不平衡分析結果，將rs160673968A>G-rs162034551T>C組合基因型與生長性狀之間進行關聯(lián)分析，結果發(fā)現(xiàn)：rs160673968A>G- rs162034551T>C位點在本試驗中共有6種基因型組合，其中AATT基因型組合的個體數最多，GGCC基因型組合與AATT基因型組合的個體在四月

9、齡體重和體高、六月齡體高和胸寬上差異顯著（P<0.05）。GGCC組合基因型個體的四月齡體重、六月齡體高上優(yōu)于組合前GG基因型和CC基因型個體。
　　CAMKMT基因的rs162300069A>G-rs420220919 A>G位點在群體中有7種基因型組合，其中GGAA基因型組合個體數最多，GGAA組合基因型個體在四月齡體重和胸圍上與AAAA基因型個體差異極顯著（P<0.01）。在六月齡體重上，GGAA組合基因型個體與AAAA組合

10、基因型個體之間差異達到顯著水平（P<0.05），在六月齡胸圍上，差異達到極顯著水平（P<0.01）。
　　4.生物信息學分析
　　對RIPK2基因rs162034551T>C突變位點前后進行初步生物信息學分析，結果表明：突變前后，mRNA的二級結構最小結構自由能由-435.80kcal/mol變?yōu)?436.90kcal/mol，結構穩(wěn)定性增強。突變前后蛋白質二級結構比例并沒有發(fā)生變化，α-螺旋的比例為36.25％，延伸鏈的比

11、例為14.87%，β-折疊的比例為8.74%，無規(guī)卷曲的比例為40.15%
　　對CAMKMT基因rs162300069A>G突變位點前后進行初步生物信息學分析，結果表明：突變前后，mRNA的二級結構最小結構自由能由-294.50 kcal/mol變?yōu)?289.4 kcal/mol，結構穩(wěn)定性降低。突變前后蛋白質二級結構比例并沒有發(fā)生變化，α-螺旋的比例為49.38%，β-折疊比例為9.69%，無規(guī)卷曲的比例為22.81%，延伸鏈