江西豬群中1型和2型豬細環(huán)病毒流行病學調(diào)查及全基因擴增、序列分析.pdf

1、豬細環(huán)病毒（Torque teno sus virus，TTSuV）是一種無囊膜、環(huán)狀、單股負鏈DNA病毒，病毒粒子直徑約30～32nm。人源TTV DNA病毒是由日本學者Nishizawa等在1997年使用代表性差異分析技術發(fā)現(xiàn)的一種新病毒。1999年美國學者首次從豬血清中分離到，隨后不斷有學者相繼在多種家養(yǎng)及野生動物體內(nèi)檢測出細環(huán)病毒。豬細環(huán)病毒作為一種小DNA病毒，在世界范圍內(nèi)豬群中被廣泛檢出，且該病毒會直接或間接的影響豬群的健康

2、，帶來經(jīng)濟損失，引起了養(yǎng)豬業(yè)極大的關注。
　　本文采用已建立的套式PCR法檢測了自江西8個地區(qū)不同豬場采集的血液樣品，調(diào)查了豬細環(huán)病毒1型和2型的感染情況。然后，分別使用一對特異性擴增1型和2型TTSuV全基因組序列，并分析了全基因序列及主要功能基因的遺傳進化關系。
　　收集的183份血液樣品進行了豬細環(huán)病毒1型和2型的檢測，檢測結果顯示豬細環(huán)病毒1型的感染率為40.4％，豬細環(huán)病毒2型的感染率為68.9%，其中豬細環(huán)病毒1

3、型和2型混合感染數(shù)共55份，占36.1%。
　　參考GenBank公布TTSuV1和TTSuV2全基因序列，參考毒株AB076001和AY823991分別設計了1對擴增TTSuV1和TTSuV2全基因擴增特異性引物，使用長片段擴增酶得到豬細環(huán)病毒全基因序列。通過T-A克隆、序列測定與拼接獲得了10株TTSuV的全基因組序列，其中6株TTSuV1毒株基因組全長分別為2879bp、2913bp、2860bp、2909bp、2894bp

4、、2906bp，4株TTSuV2毒株基因組全長分別為2800bp、2796bp、2795bp、2793bp。
　　通過對試驗得到的TTSuV全基因序列的同源性與遺傳進化分析發(fā)現(xiàn)：試驗得到的6株TTSuV1全基因組序列與GenBank已有全基因組序列的相似性均在75%～97%，4株TTSuV2全基因組序列的相似性均在76%～98%；系統(tǒng)進化樹分析表明，TTSuV1-JX2與北京HM633243毒株親緣關系最近，TTSuV1-JX3與

5、德國GU188045毒株親緣關系最近，TTSuV1-JX4與西班牙GU570198毒株親緣關系最近，而TTSuV1-JX5、TTSuV1-JX6兩株獨立成一個分支。TTSuV2-JX1與西班牙GU570206毒株親緣關系最近，TTSuV2-JX2、TTSuV2-JX3、TTSuV2-JX4都與西班牙GU570207毒株親緣關系最近。通過對TTSuV1-JX3和TTSuV2-JX3各1株全基因組的ORF1蛋白分析發(fā)現(xiàn)，兩株TTSuV的OR