豬嵴病毒流行病學(xué)調(diào)查及CH-HZ-2011株全基因序列分析.pdf

1、豬嵴病毒(Porcine Kobuvirus，PKV)和其它兩個國際官方確認的已知成員:愛知病毒(Aichivirus，AiV)和牛嵴病毒(Bovine kobuvirus，BKV)都屬于小RNA病毒科嵴病毒屬，但是到目前為止，PKV為待定成員。
　　 急性腹瀉可以導(dǎo)致豬的發(fā)病死亡，其中病毒是引起豬腹瀉的主要病原體之一，常見的有豬流行性腹瀉病毒(PEDV)、豬傳染性胃腸炎病毒(TGEV)、豬輪狀病毒(PoRV)等，還有許多新發(fā)現(xiàn)

2、的腸道病毒可能與豬的腹瀉有關(guān)，例如豬嵴病毒。在匈牙利、中國、日本、韓國等國家的健康豬群中，豬嵴病毒廣泛存在，已有研究表明，豬腹瀉與豬嵴病毒的感染有關(guān)。為了研究豬嵴病毒在中國的流行情況，本研究根據(jù)GenBank上豬嵴病毒3D基因保守區(qū)域核苷酸序列設(shè)計了一對特異性引物，并利用RT-PCR方法對2011、2012年期間來自27個省市126個豬場的病料共計448份進行了3D基因的檢測，以調(diào)查豬嵴病毒PKV的流行情況。結(jié)果顯示在448份病料中，共

3、有112份為豬嵴病毒陽性，病料陽性率為25.00％，而在檢測的126個豬場中，共有51個豬場顯示豬嵴病毒陽性，豬場陽性率為40.48％。為了解豬嵴病毒3D基因的遺傳變異情況，對2012年分離的9個豬嵴病毒部分3D基因進行擴增、克隆和序列測定，將所得序列與GenBank收錄的人、牛、豬以及鼠等毒株相關(guān)序列進行遺傳變異分析。結(jié)果表明9個豬嵴病毒3D基因與國內(nèi)外其他豬嵴病毒株無論是在核苷酸水平上還是在氨基端水平上都具有較高的同源性，表明豬嵴病

4、毒的3D基因具有較高的保守性，可以作為病原檢測的靶基因。
　　 為了更準確的了解豬嵴病毒變異及進化特點，我們利用SMARTTM3'-RACE和SMARTTM5'-RACE以及6對引物對CH/HZ/2011毒株的基因組進行了分段擴增與序列測定，在此基礎(chǔ)上獲得了CH/HZ/2011毒株的全基因組序列（GenBank登錄號:JX827598）。使用DNAStar、Mega、Bioedit等生物信息學(xué)軟件對CH/HZ/2011毒株的全基

5、因組序列進行了遺傳進化分析，并進一步對豬嵴病毒的VP1基因進行了生物信息學(xué)分析。結(jié)果顯示CH/HZ/2011株除3'多聚A尾巴全長為8101個堿基，共編碼2459個氨基酸。PKV的主要基因和基因組功能片段為5'UTR，結(jié)構(gòu)蛋白VP0、VP3和VP1，非結(jié)構(gòu)蛋白2ABC和3ABCD，以及3'UTR。本研究將CH/HZ/2011全基因組與GenBank上的其他全基因進行了全基因組比較，結(jié)果顯示CH/HZ/2011的5'末端和2B基因分別缺失

6、18和90個堿基，5'末端18個堿基的缺失是我們這一株所特有的性質(zhì)。全基因組系統(tǒng)進化樹分析顯示CH/HZ/2011與HNXX、SH-W和XX同源性較高。隨后我們又對CH/HZ/2011的VP1基因和GenBank中泰國、日本和匈牙利的VP1基因進行了系統(tǒng)進化樹分析，發(fā)現(xiàn)這31個PKV的VP1基因可以分成四個群:Thai-Japanesegroup，Hungarian group，Chinese groupⅠ和Ⅱ，其中CH/HZ/2011