豬嵴病毒流行病學(xué)調(diào)查及CH-HZ-2011株全基因序列分析.pdf

1、豬嵴病毒(Porcine Kobuvirus，PKV)和其它兩個(gè)國(guó)際官方確認(rèn)的已知成員:愛知病毒(Aichivirus，AiV)和牛嵴病毒(Bovine kobuvirus，BKV)都屬于小RNA病毒科嵴病毒屬，但是到目前為止，PKV為待定成員。
　　 急性腹瀉可以導(dǎo)致豬的發(fā)病死亡，其中病毒是引起豬腹瀉的主要病原體之一，常見的有豬流行性腹瀉病毒(PEDV)、豬傳染性胃腸炎病毒(TGEV)、豬輪狀病毒(PoRV)等，還有許多新發(fā)現(xiàn)

2、的腸道病毒可能與豬的腹瀉有關(guān)，例如豬嵴病毒。在匈牙利、中國(guó)、日本、韓國(guó)等國(guó)家的健康豬群中，豬嵴病毒廣泛存在，已有研究表明，豬腹瀉與豬嵴病毒的感染有關(guān)。為了研究豬嵴病毒在中國(guó)的流行情況，本研究根據(jù)GenBank上豬嵴病毒3D基因保守區(qū)域核苷酸序列設(shè)計(jì)了一對(duì)特異性引物，并利用RT-PCR方法對(duì)2011、2012年期間來自27個(gè)省市126個(gè)豬場(chǎng)的病料共計(jì)448份進(jìn)行了3D基因的檢測(cè)，以調(diào)查豬嵴病毒PKV的流行情況。結(jié)果顯示在448份病料中，共

3、有112份為豬嵴病毒陽(yáng)性，病料陽(yáng)性率為25.00％，而在檢測(cè)的126個(gè)豬場(chǎng)中，共有51個(gè)豬場(chǎng)顯示豬嵴病毒陽(yáng)性，豬場(chǎng)陽(yáng)性率為40.48％。為了解豬嵴病毒3D基因的遺傳變異情況，對(duì)2012年分離的9個(gè)豬嵴病毒部分3D基因進(jìn)行擴(kuò)增、克隆和序列測(cè)定，將所得序列與GenBank收錄的人、牛、豬以及鼠等毒株相關(guān)序列進(jìn)行遺傳變異分析。結(jié)果表明9個(gè)豬嵴病毒3D基因與國(guó)內(nèi)外其他豬嵴病毒株無(wú)論是在核苷酸水平上還是在氨基端水平上都具有較高的同源性，表明豬嵴病

4、毒的3D基因具有較高的保守性，可以作為病原檢測(cè)的靶基因。
　　 為了更準(zhǔn)確的了解豬嵴病毒變異及進(jìn)化特點(diǎn)，我們利用SMARTTM3'-RACE和SMARTTM5'-RACE以及6對(duì)引物對(duì)CH/HZ/2011毒株的基因組進(jìn)行了分段擴(kuò)增與序列測(cè)定，在此基礎(chǔ)上獲得了CH/HZ/2011毒株的全基因組序列（GenBank登錄號(hào):JX827598）。使用DNAStar、Mega、Bioedit等生物信息學(xué)軟件對(duì)CH/HZ/2011毒株的全基

5、因組序列進(jìn)行了遺傳進(jìn)化分析，并進(jìn)一步對(duì)豬嵴病毒的VP1基因進(jìn)行了生物信息學(xué)分析。結(jié)果顯示CH/HZ/2011株除3'多聚A尾巴全長(zhǎng)為8101個(gè)堿基，共編碼2459個(gè)氨基酸。PKV的主要基因和基因組功能片段為5'UTR，結(jié)構(gòu)蛋白VP0、VP3和VP1，非結(jié)構(gòu)蛋白2ABC和3ABCD，以及3'UTR。本研究將CH/HZ/2011全基因組與GenBank上的其他全基因進(jìn)行了全基因組比較，結(jié)果顯示CH/HZ/2011的5'末端和2B基因分別缺失

6、18和90個(gè)堿基，5'末端18個(gè)堿基的缺失是我們這一株所特有的性質(zhì)。全基因組系統(tǒng)進(jìn)化樹分析顯示CH/HZ/2011與HNXX、SH-W和XX同源性較高。隨后我們又對(duì)CH/HZ/2011的VP1基因和GenBank中泰國(guó)、日本和匈牙利的VP1基因進(jìn)行了系統(tǒng)進(jìn)化樹分析，發(fā)現(xiàn)這31個(gè)PKV的VP1基因可以分成四個(gè)群:Thai-Japanesegroup，Hungarian group，Chinese groupⅠ和Ⅱ，其中CH/HZ/2011