豬圓環(huán)病毒Ⅱ型流行毒株全基因組序列分析.pdf

1、目的：通過對7株P(guān)CV2福建流行毒株進(jìn)行全基因克隆及測序，并與國內(nèi)外17株Genbank登錄的PCV2流行毒株基因組進(jìn)行比較，分析各PCV2毒株之間的遺傳相關(guān)性和分子差異，為探索PCV2基因的結(jié)構(gòu)功能以及變異規(guī)律，了解我省PCV2流行毒株的基因型和變異情況，進(jìn)一步補充和豐富我國PCV2分子流行病學(xué)資料，為今后深入研究該病毒的分子生物學(xué)特性，以及開發(fā)有效的免疫制劑提供參考依據(jù)。 方法：根據(jù)已發(fā)表的豬圓環(huán)病毒2型基因序列，分段設(shè)計2

2、對PCV2特異性引物，用PCR方法擴(kuò)增近年分離鑒定的7株P(guān)CV2福建流行株全序列，將擴(kuò)增片段克隆于pMD18-T載體進(jìn)行測序。借助DNAstar軟件將所測的7株P(guān)CV2全序列與GenBank中已發(fā)表的國內(nèi)外17株P(guān)CV2和2株P(guān)CV1全基因序列進(jìn)行同源性比較，并繪制發(fā)育進(jìn)化樹；同時對各PCV2毒株的ORF1和ORF2基因組核苷酸和所推導(dǎo)的氨基酸進(jìn)行同源性比較，并對氨基酸序列變異位點進(jìn)行比對分析；進(jìn)一步對ORF2基因組進(jìn)行親水性和抗原表位

3、分析。 結(jié)果：(1)擴(kuò)增出7株P(guān)CV2全基因序列，測序獲得基因全序列長為1767bp。(2)同源性比較結(jié)果表明本研究7個分離株之間核苷酸同源性為98.4％～99.5％；7個分離株之間ORF1核苷酸和氨基酸同源性均為98.1％～99.7％，ORF2核苷酸與氨基酸同源性分別為98.9％～99.7％和97.9％～99.6％。(3)7個分離株與GenBank上已發(fā)表的PCV2分離株之間全基因序列同源性為94.7％～99.5％；ORF1的