馬鈴薯S病毒內(nèi)蒙古分離株全基因組克隆及序列分析.pdf

1、GenomecloneandnucleotidesequenceanalysisofPotatovirusInnerMongolia，‘●o1hesissubmittcdtodaoAgriculturalUniversityInFulfillmentoftheRequirementfortheDegreeof—MasterofAgronomy1一一Author：CongcongWang(CollegeofAgronomyandPlant

2、Protection)Supervisor：ProfJianfengZhangQingdaoChmaJune，2013馬鈴薯S病毒內(nèi)蒙古分離株全基因組克隆及序列分析摘要馬鈴薯S病毒(Potatovirus&PVS)是馬鈴薯上的重要病害之一，也是馬鈴薯脫毒較困難的病毒，是馬鈴薯脫毒種薯必檢植物病毒。PVS屬香石竹潛隱病毒屬，大多時(shí)候在植物上的癥狀不明顯，屬于隱癥狀態(tài)，但其易與其他馬鈴薯病毒如PVX、PVY、PVM等協(xié)生，對(duì)馬鈴薯的產(chǎn)量和品

3、質(zhì)都會(huì)產(chǎn)量很大的影響。該病毒相關(guān)報(bào)道比較少，國(guó)外只有美國(guó)、德國(guó)、捷克斯洛伐克等少數(shù)國(guó)家有全序列的報(bào)道，在我國(guó)，僅有少數(shù)關(guān)于CP蛋白的研究，局限在PVS的PVSo和PVSA兩個(gè)株系的初步鑒別和區(qū)分，而沒有復(fù)制酶、TGB基因以及全基因組序列的相關(guān)報(bào)道。本研究以PVS內(nèi)蒙分離株(PotatovirusSInnerMongolia，PVSIM)為材料，克隆了其全基因組序列，并對(duì)其進(jìn)行了序列分析，主要結(jié)果如下：1完成了PVSIM全基因組的克隆，依

4、次克隆得到了5’UTR(62bp)、3’UTR(121bp，其中PloyA為19bp)的末端序列，以及6個(gè)開放閱讀框，分別為編碼復(fù)制酶蛋白，存在IHRp活性位點(diǎn)、解旋酶活性位點(diǎn)以及多個(gè)保守氨基酸殘基等特定保守序列ORFl(5928bp)；三個(gè)基因共同編碼TGB運(yùn)動(dòng)蛋白ORF2(732bp)；ORF3(327bp)；ORF4(201bp)；ORF5(885bp)編碼CP蛋白；ORF6(258bp)，最終獲得PVS—IM全長(zhǎng)序列共8485b

5、p的完整序列。2驗(yàn)證了PVSIM5’UTR最末端為一個(gè)G，符合帽子結(jié)構(gòu)的特點(diǎn)。3改良了5’RACETDT反應(yīng)體系，并采用簡(jiǎn)化的PCR步驟代替?zhèn)鹘y(tǒng)巢式PCR，快速高效的獲得5’末端序列，替代了試劑盒的使用，大大節(jié)省了實(shí)驗(yàn)成本。4通過全基因組的序列分析，確定了PVS—IM屬于PVSo株系。因此推斷該分離株不能通過蚜蟲傳播。發(fā)現(xiàn)通過比對(duì)37端核酸和氨基酸序列，以及外殼蛋白N端氨基酸區(qū)域都能來區(qū)別兩個(gè)株系，進(jìn)一步證明，亞基因組增強(qiáng)子區(qū)域也可以作