基于秈稻全基因組剖析抗性基因的結(jié)構(gòu)及其分布特點.pdf_第1頁
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文檔簡介

1、1.水稻全基因組NBS-LRR編碼基因分析采用BLAST(Basic Local Alignment Search Tool)和HMM(Hidden Markov Model)分析,對水稻秈亞種9311全基因組47077個預(yù)測基因進行搜索比對,鑒定出549個類似NBS-LRR的抗性基因,其中具有完整的NBS區(qū)域和富亮氨酸重復(fù)區(qū)域的共258個(占47％).序列結(jié)構(gòu)分析表明,有169個基因的N端存在由20~50個氨基酸組成的CC結(jié)構(gòu).2.水

2、稻和擬南芥NBS-LRR基因家族同義密碼子使用偏好的比較應(yīng)用多重變量分析軟件CodonW對全基因組的水稻和擬南芥NBS-LRR基因家族的同義密碼子進行分析,分別鑒定出25種和1 6種最優(yōu)密碼子,而且這些最優(yōu)密碼子完全不一致.兩個NBS-LRR基因家族中所鑒定的最優(yōu)密碼子與其全基因組的最優(yōu)密碼子一致,說明該基因家族的密碼子使用特點受物種自身的影響很大.3.秈稻全基因組非NBS-LRR抗性基因的結(jié)構(gòu)及其分布特點從秈稻9311全基因組精細圖中

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