26014.十字花科黑腐病菌小rna鑒定及功能研究

1、廣西大學(xué)博士學(xué)位論文十字花科黑腐病菌小RNA鑒定及功能研究姓名：蔣瑞萍申請學(xué)位級別：博士專業(yè)：微生物學(xué)指導(dǎo)教師：唐紀(jì)良20100501純化大小介于50—500nt的RNA分子[不包括大小約為119nt的5SrRNA]。接著，在純化的RNA的5’和3’端分別加上接頭，然后，使用3’接頭特異引物將連接有接頭的RNA分子反轉(zhuǎn)錄成eDNA，并進一步用3’和5’接頭特異引物進行常規(guī)PCR擴增，得到相應(yīng)的雙鏈eDNA。eDNA純化后，用Sse838

2、7I酶切(Sse8387I酶切位點在接頭上)并和經(jīng)nd酶切的pUCl9載體連接，然后轉(zhuǎn)化EcoliJMl09感受態(tài)細胞并篩選轉(zhuǎn)化子及驗證。這樣，最后我們得到一個含有大約10，000個獨立克隆的50—500nt大小的RNA的eDNA文庫。接著，我們從eDNA文庫中隨機選取約2500個eDNA克隆進行測序分析，結(jié)果得到2，104個eDNA克隆的序列。經(jīng)過與Xcc8004基因組比對，發(fā)現(xiàn)其中1274個(6055％)克隆來源于tRNA，444個

3、(2110％)克隆來源于5SrRNA，67個(318％)克隆來源于16S或23SrRNA，257個(1222％)克隆來源于基因間隔區(qū)(IGR)，6個(O29％)克隆來源于編碼蛋白的基因的讀碼框(ORF)內(nèi)。進一步的分析發(fā)現(xiàn)，來源于ORF的序列均對上有關(guān)ORF的正義鏈，說明克隆到的序列來自相應(yīng)的ORF的mRNA的碎片，因而不是小RNA；來源于基因間隔區(qū)序列的257個克隆中256個克隆的序列可以分為6個重疊群，它們和另一個單獨的克隆一起，分