綿羊MHC classⅠ區(qū)段基因組成初步分析.pdf

1、綿羊是許多國家的國民經(jīng)濟(jì)中占有重要地位的家畜之一，擁有許多重要的可遺傳的經(jīng)濟(jì)性狀，同時(shí)也是重要的模式動物之一。但是，目前我們對綿羊的基因組信息知之甚少。研究綿羊MHC classⅠ區(qū)段基因組成旨在尋找并研究與重要經(jīng)濟(jì)性狀緊密相關(guān)以及與綿羊?qū)膊〉母锌剐韵嚓P(guān)的基因。本研究構(gòu)建了以綿羊五種組織為材料的cDNA文庫，并分析綿羊MHC classⅠ區(qū)段基因的組成，應(yīng)用生物信息學(xué)軟件對該區(qū)域進(jìn)行基因注釋，利用32P末端標(biāo)記BAC克隆探針制備及雜交

2、篩選綿羊MHC classⅠ區(qū)段374N21BAC克隆。主要研究內(nèi)容如下： ㈠采集綿羊五種內(nèi)臟器官構(gòu)建綿羊cDNA文庫。對文庫中的陽性克隆進(jìn)行酶切鑒定，將酶切片段大于500bp的陽性克隆測序，測序結(jié)果經(jīng)過軟件去除酶切位點(diǎn)和載體，Blaxtn和GeneBank公共數(shù)據(jù)庫進(jìn)行比對分析。對覆蓋綿羊MHC classⅠ區(qū)段的11個(gè)BAC克隆測序后用GenScan軟件預(yù)測基因組成，在GenBank公共數(shù)據(jù)庫中BlastX比對分析，獲得的信

3、息在KEGG數(shù)據(jù)庫進(jìn)行基因注釋。用GeneQuest軟件分析綿羊MHC classⅠ區(qū)段374N21BAC克隆酶切位點(diǎn)，選擇限制性內(nèi)切酶BseD I酶切后32P末端標(biāo)記制備探針，經(jīng)Omega E.Z.N.A DNA Probe Purification Kit純化后分析探針質(zhì)量后雜交篩選綿羊cDNA文庫。 ㈡成功構(gòu)建綿羊cDNA文庫，文庫的插入片段在0.5～3.0kb之間，平均大小為1.5kb，初級文庫庫容量為3.280×105

4、pfu，擴(kuò)增文庫的滴度為4.405×108pfu/ml，重組率為98.4％，獲得的數(shù)據(jù)表明該文庫質(zhì)量較高。鑒定了256個(gè)陽性克隆，經(jīng)過比對分析后提交至GeneBank，并獲得登錄序列號。覆蓋綿羊MHC classⅠ區(qū)段的11個(gè)BAC克隆共預(yù)測出基因數(shù)123個(gè)，其中編碼抗體基因19個(gè)，占預(yù)測基因總數(shù)的18％。未知基因39個(gè)，占預(yù)測基因總數(shù)的32％。并明確預(yù)測基因在BAC克隆上的分布情況。限制性內(nèi)切酶BseDI酶切結(jié)果與軟件分析一致。純化后