轉腫瘤免疫治療研究

1、The world leader in serving science,整體方案，帶您玩轉腫瘤免疫治療研究,,,腫瘤治療進入了免疫治療的時代,,傳統(tǒng)療法,,,手術切除(中早期 首選)化療放療針對---癌細胞相對便宜放、化療副作用 相對大,,,靶向療法,,,小分子靶向藥（中晚期、有藥敏位點的病人）單抗針對---癌細胞價格貴出現耐藥,,,免疫療法,,,調動機體的免疫 系統(tǒng)，增強腫瘤 免疫力針對---免疫系統(tǒng)（免疫細

2、胞）超貴！療效長，有效比例低,,,聯合治療,,,未來新方向多種聯合手段； 如多種免疫治療 聯用；免疫治療+ 靶向治療等,For Research Use Only. Not for use in diagnostic procedures.,2,,,免疫治療——可應用于不同腫瘤的治療,,膀胱癌1-3乳腺癌4-8結直腸癌1,4,6,9-11胃癌8,11頭 頸 癌 12,13 肝細胞癌14,15白血病16肺癌6,8,

3、11,17-19淋巴瘤6黑色素瘤4,6,11,15,20,21骨髓瘤22-25 食管癌1,4,8卵巢癌1,4,6,8,11,15,20,21,26胰 腺 癌 5,11 前列腺癌4,27腎細胞癌1,4,6,15,28,,已已在在多多種種腫腫瘤瘤中中觀觀察察到到腫腫瘤瘤介介 導導的的免免疫疫系系統(tǒng)統(tǒng)抑抑制制現現象象,For Research Use Only. Not for use in diagnostic procedu

4、res.,3,,腫瘤免疫治療方法一覽,,,,,,,,,治療性疫苗2,3,,強化免疫 細胞功能1,,細胞輸注2,3,,抗腫瘤單克隆抗體2,3,,利妥昔單抗 曲妥珠單抗 西妥昔單抗,,過繼性細胞輸注3（如CAR-T、TCR-T療法）,,調節(jié)T細胞功能2,3,,細胞因子1,,TG40104Belagenpumatucel-L5Racotumomab6 DRibbles7,,免疫檢查點治療CTLA-4 抑制劑 2 PD-1 抑制

5、劑2 PD-L1 抑制劑2,,被動 (獲得性)1,2靶向腫瘤，基于免疫機制抗擊腫瘤,,主動1直接作用于患者自身的免疫系統(tǒng),,免疫治療,,抗原依賴2,,非抗原依賴2,,,,,,,,CSCO 2017,For Research Use Only. Not for use in diagnostic procedures.,4,,,,腫瘤免疫治療難點？？？,哪些患者適用于免疫治療？有哪些Biomarker適用于免疫治療人群篩選？是否

6、有單一Biomarker進行評估？如何對免疫治療預后進行監(jiān)測？……,,For Research Use Only. Not for use in diagnostic procedures.,5,,,腫瘤免疫 治療獲益,腫瘤免 疫原性,腫瘤微 環(huán)境,免疫,組庫,,腫瘤免疫治療標記物的研究思路,MMR/MSI腫瘤突變負荷,PD-L1表達腫瘤微環(huán)境表達譜,T細胞浸潤（TIL）T細胞組庫,,,1.腫瘤免疫原性微衛(wèi)星不穩(wěn)定性腫瘤

7、突變負荷,,,,,,,2. 腫瘤微環(huán)境PD-L1表達腫瘤微環(huán)境表達譜,腫瘤免疫環(huán)境復雜，如何評估/預測免疫治療療效？——腫瘤免疫的標記物研究,3.免疫組庫免疫淋巴細胞浸潤TILT細胞組庫（TCR測序）,,For Research Use Only. Not for use in diagnostic procedures.,6,,微衛(wèi)星不穩(wěn)定性（MSI/MMR）—腫瘤免疫治療的“廣譜”標記物,,,FDA批準第一個 “廣譜抗

8、癌藥” Keytruda,所有dMMR/MSI-H實體瘤結直腸癌子宮內膜癌胃癌…,,MSI檢測方法：PCR+毛細管電泳,,微衛(wèi)星不穩(wěn)定性常規(guī)檢測方法MMR：IHC（MLH1/MSH2/MSH6/PMS2）,,,,,For Research Use Only. Not for use in diagnostic procedures.,7,,,微衛(wèi)星穩(wěn)定性并非腫瘤免疫治療的萬能biomarker,腫瘤突變負荷（TMB/TM

9、L）可能是更好的腫瘤免疫標記物？,MSI-H患者普遍(83%)具有高腫瘤突變負荷,,并非所有腫瘤都是 dMMR/MSI-H，如該類型肺癌的比例很低子宮內膜癌、胃癌、結腸癌、直腸癌,,,,For Research Use Only. Not for use in diagnostic procedures.,8,,腫瘤突變負荷TMB/TML——腫瘤免疫治療焦點,腫瘤突變負荷(TMB/TML)腫瘤每Mb基因組序列中的體細胞非同義突變累

10、積數量；TMB越高，新抗原產生越多，腫瘤免疫原性強，T細胞反應和抗腫瘤反應越強，越適合I-O治療,,,,ESMO 2017, POPLAR & OAK.,,,,,,,,,,Better survivalCheckmate 227——首次證實無論PD-L1表達水平如 何， I-O/I-O一線聯合治療能夠 為TMB高表達的NSCLC患者帶來PFS顯著獲益的III期臨床研究；使用組織TMB檢測；,組織TMB與臨床獲益有關,

11、組織TMB與血液TMB一致性不高,,For Research Use Only. Not for use in diagnostic procedures.,9,,,賽默飛提供可靠、快捷、節(jié)省樣本的腫瘤突變負荷TML方案,,,,,Oncomine Tumor Mutation Load解決方案優(yōu)化設計，為組織TMB檢測提供更可靠數據——1.7MB，409 基因；腫瘤ONLY，無需癌旁，節(jié)省樣本&精力——20ng FFPE D

12、NA，強大的數據分析流程定位體細胞突變；更全面的數據報告——提供突變負荷，突變位點報告，FFPE樣本質量和癌癥突變誘因等多方位信息；兼容全自動化或手動流程，節(jié)省人工——樣本到數據僅需45分鐘手動操作時間；,For Research Use Only. Not for use in diagnostic procedures.,10,,,賽默飛TML方案數據分析流程一覽,,,賽默飛Ion Reporter TML胚系突變過濾鏈：只關

13、注SNV基于1000基因組數據的過濾*（dbSNP數據庫）基于5000外顯子組的過濾*基于ExAc的過濾*去除來源于大于7bp homopolymer序列的突變*只關注未注釋突變或MAF (Minor Allele Frequency) ≤10-6Ion Reporter使用的Population Database——,,dbSNP (1000 Genomes),EVS (5000 Exomes),,,Exome Aggr

14、egation Consortium,11,,,賽默飛提供可靠、全面的腫瘤突變負荷TML報告,,,,每Mb基因組的突變負荷,For Research Use Only. Not for use in diagnostic procedures.,12,分析參數 樣本信息QC指標,體細胞 & 體細胞+胚系突變情況,突變模式分析突變誘因分析(吸煙、UV、FFPE質量等),,,賽默飛腫瘤突變負荷方案客戶應用示例

15、（IPATIMUP）,“我們曾在一個結腸癌回顧性隊列研究中使用了Oncomine Tumor Mutation Load Assay。結果顯示，該試劑盒能 將高突變負荷和低突變負荷的樣本有效分離，其結果與腫瘤微衛(wèi)星不穩(wěn)定性具有很好的相關性。該試劑盒利用其 簡單的信息學，能夠產生快速穩(wěn)定的結果。結合其他的Oncomine試劑盒，我們確實擁有了全面的腫瘤樣本檢測方,案?！?,——José Carlos Machado教授，博士I

16、PATIMUP董事會成員兼集團協(xié)調人,For Research Use Only. Not for use in diagnostic procedures.,13,,,賽默飛TML方案與全外檢測一致性高，助力臨床獲益的預測研究,409 genes covering 1.7Mb for excellentcorrelation with exome wide data,,COSMIC v8021,056 exomesPan-c

17、ancerr2 = 0.986,,,賽默飛TML方案與全外檢測一致性高,For Research Use Only. Not for use in diagnostic procedures.,14,數據分析發(fā)現，賽默飛方案可以對免疫治療獲益人群有效分類,,,腫瘤免疫 治療獲益,腫瘤免疫原性,免疫,組庫,,腫瘤免疫治療標記物的研究思路,MMR/MSI腫瘤突變負荷,腫瘤微環(huán)境PD-L1表達腫瘤微環(huán)境表達譜,T細胞浸潤（TIL

18、）T細胞組庫,,,1.腫瘤免疫原性微衛(wèi)星不穩(wěn)定性腫瘤突變負荷,,,,,,,2. 腫瘤微環(huán)境PD-L1表達腫瘤微環(huán)境表達譜,For Research Use Only. Not for use in diagnostic procedures.,15,腫瘤免疫環(huán)境復雜，如何評估/預測免疫治療療效？,——腫瘤免疫的標記物研究,3.免疫組庫免疫淋巴細胞浸潤TILT細胞組庫（TCR測序）,,,PD-L1表達不足以準確判斷免疫治

19、療的獲益人群,,PD-L1表達越高，臨床獲益越明顯 但表達<1%仍有獲益人群,NSCLC,,PD-L1（單靶點）效果不好,,腫瘤微環(huán)境 的可量化檢測,,免疫組化（IHC）方法不準,,For Research Use Only. Not for use in diagnostic procedures.,16,,,,腫瘤微環(huán)境中的基因表達譜助力腫瘤免疫的療效與機理研究,,,腫瘤微環(huán)境(tumor micro-environmen

20、t，TME) 腫瘤細胞生活的特殊環(huán)境，由腫瘤間質、鄰近的各種組織細胞、微血管、多種 免疫細胞和免疫分子組成。Nivolumab獲益病人治療前的TME表達譜明顯不同?病人治療前后的TME表達譜變化,,,,Pre,Response,On,Cell 171, 934–949, November 2, 2017,British Journal of Cancer (2017) 117, 1–7 | doi: 10.1038/bjc

21、.2017.136,,賽默飛腫瘤免疫微環(huán)境表達譜方案——Oncomine Immune Response Research Assay (OIRRA)多靶點代替單靶點，分子檢測代替?zhèn)鹘y(tǒng)IHC；助力腫瘤免疫治療的療效與機理研究,For Research Use Only. Not for use in diagnostic procedures.,17,賽默飛腫瘤微環(huán)境表達譜方案（OIRRA）檢測內容一覽,,OIRRA選定的基因和

22、通路,,For Research Use Only. Not for use in diagnostic procedures.,18,,,腫瘤微環(huán)境方案OIRRA數據可靠、可高靈敏度檢測低表達基因,,13例卵巢癌樣品（Oncomine Immune-Chef/Proton; Taqman qPCR）,OIRRA可高靈敏度地檢測低表達基因， 有助于研究腫瘤微環(huán)境中重要而表達量 較低的通路,,OIRRA的基因表達檢測結果與qPCR，IH

23、C一致，數據可靠13例卵巢癌樣品（Oncomine Immune-Chef/Proton; Taqman qPCR）,For Research Use Only. Not for use in diagnostic procedures.,19,,,賽默飛腫瘤微環(huán)境客戶應用示例（Roswell Park Cancer Center + OmniSeq）,,,,For Research Use Only. Not for use i

24、n diagnostic procedures.,20,,,,賽默飛腫瘤微環(huán)境客戶應用示例（Roswell Park Cancer Center + OmniSeq）,,獲益預測打分高獲益：人數占比26%，91.3%準確率；灰區(qū)：人數占比25%；低獲益：人數占比49%，93%準確率。,,Training Dataset：88位患者，包含 黑色素 瘤，腎癌，膀胱癌，頭頸癌，非小細胞肺癌；治療方案：一種或多種FDA-appr

25、oved CPIs；64基因免疫表達譜分型：Predictive value of the Immune Score for response to Check Point Inhibitors。,,,,,For Research Use Only. Not for use in diagnostic procedures.,21,,,腫瘤免疫 治療獲益,腫瘤免 疫原性,腫瘤微 環(huán)境,免疫,組庫,,腫瘤免疫治療標記物的研究思路,M

26、MR/MSI腫瘤突變負荷,PD-L1表達腫瘤微環(huán)境表達譜,T細胞浸潤（TIL）T細胞組庫,,,1.腫瘤免疫原性微衛(wèi)星不穩(wěn)定性腫瘤突變負荷,,,,,,,2. 腫瘤微環(huán)境PD-L1表達腫瘤微環(huán)境表達譜,腫瘤免疫環(huán)境復雜，如何評估/預測免疫治療療效？,——腫瘤免疫的標記物研究,3.免疫組庫免疫淋巴細胞浸潤TILT細胞組庫（TCR測序）,,For Research Use Only. Not for use in diag

27、nostic procedures.,22,,,T細胞組庫（TCR測序）—腫瘤免疫治療研究重要方向,,“使用T細胞受體（TCR）測序檢測T細胞組庫，發(fā)現Nivolumab腫瘤免疫治療響應與T細胞組庫變化相關”,,Cell 171, 934–949, November 2, 2017,,,T細胞組庫研究的應用方向：,,,,,,,,腫瘤免疫檢查點治療的機理研究、標記物開發(fā)、基于TCRβ的免疫治療副作用研究免疫細胞治療、其它免疫相關疾?。?/p>

28、病毒類疾病、自身免疫疾?。┵惸w免疫組庫分型方案——Ion AmpliSeq? Immune Repertoire Assay Plus, TCR beta,,For Research Use Only. Not for use in diagnostic procedures.,23,,,,,樣品制備文庫制備,,,模板制備、測序,,,數據分析,,賽默飛TCR免疫組庫NGS方案介紹,RNA起始；血液，新鮮/冰凍組織， 分選細

29、胞；,,,Ion AmpliSeq多重PCR技術擴增CDR1/2/3區(qū)域；,400bp文庫,,,,,,,,,,Ion GeneStudio S5,Ion Reporter生成TCR分型報告（Shannon Diversity, Evenness, VJ combinations等）,,,更全面——AmpliSeq多重PCR技術，實現了CDR1/2/3區(qū)域的全覆蓋；實驗和數據分析簡便、快捷——自動化程度高，2天獲得內容豐富的分析

30、報告；上樣量靈活——兼容(10ng~2.5ug)起始RNA；數據可靠——成熟的檢測和分析流程，避免引物偏好帶來的誤差；,,For Research Use Only. Not for use in diagnostic procedures.,24,,,腫瘤免疫治療獲益,腫瘤免 疫原性,腫瘤微環(huán)境,免疫組庫,,腸道菌群研究——腫瘤免疫治療新思路,MMR/MSI腫瘤突變負荷,PD-L1表達腫瘤微環(huán)境表達譜,T細胞浸潤（T

31、IL）T細胞組庫,,腸道菌群,,For Research Use Only. Not for use in diagnostic procedures.,25,,2018新年首期Science，重磅三連發(fā)——,腸道菌群影響腫瘤免疫治療效果,,腸道菌群對免疫治療有重要影響,,特定腸道菌群缺乏，使肺癌、腎癌患者的抗PD-1療法響應差1；腸道菌群的組成和多樣性，與黑色素瘤患者的免疫治療獲益相關2,3；腸道菌群有助于免疫治療的療法優(yōu)

32、化，Biomarker開發(fā)和機理研究,,腸道菌群的常用研究手段——16s rRNA基因測序鳥槍法宏基因組測序；,,賽默飛腸道菌群方案,For Research Use Only. Not for use in diagnostic procedures.,26,1. Routy et al., Science 359, 91–97 (2018)；2. V. Gopalakrishnan et al., Science 10.1

33、126/science.aan4236 (2017)；3. Matson et al., Science 359, 104–108 (2018),,,擴增16s區(qū)域,,,文庫構建,,,模板制備,,,測序,,,數據分析,,更長、更快、數據分析更簡單的賽默飛16s檢測方案,,,為分型更準，測更多V區(qū)，reads是否夠長？為提高效率，數據分析夠不夠簡單？,,16s客戶疑問,賽默飛提供：長達600bp reads，業(yè)界最長；出具16s數

34、據分析、注釋、分類完整報告；2天內完成樣本到報告的工作,,Ion 16s宏基因組試劑盒(或)根據需求設計V區(qū)引物,Ion Xpress? Plus片段文庫試劑盒,,,,,Ion Chef，Genestudio S5自動化模板制備和測序平臺,Ion Reporter16s分析流程,,For Research Use Only. Not for use in diagnostic procedures.,27,,,可靠的賽默飛鳥槍

35、法宏基因組方案,,Routy等人在2018首期Science發(fā)表文章 ——“應用Ion Torrent NGS平臺，和鳥槍法宏基因組測序，發(fā)現腸道菌群與NSCLC和RCC的抗PD-1療效相關”,Routy et al., Science 359, 91–97 (2018)；,,文庫構建,,,模板制備,,,測序,,,數據分析,Ion Xpress? Plus片段文庫試劑盒,,,,Ion Chef，Genestudio S5自動化模

36、板制備和測序平臺,,數據可承接多種成熟分析軟件,,,,For Research Use Only. Not for use in diagnostic procedures.,28,,,腫瘤免疫 治療獲益,腫瘤免疫原性,腫瘤微環(huán)境,免疫組庫,腸道菌群,,賽默飛方案多角度、全方位支持腫瘤免疫治療研究,For Research Use Only. Not for use in diagnostic procedures.,29,PD-

37、L1表達腫瘤微環(huán)境表達譜,T細胞浸潤（TIL）T細胞組庫,MMR/MSI腫瘤突變負荷賽默飛腫瘤突變負荷方案Oncomine Tumor Mutation Load,賽默飛腫瘤微環(huán)境研究方案Oncomine Immune Response Research Assay,賽默飛免疫組庫方案AmpliSeq Immune Repertoire Assay, TCR beta,腸道宏基因組賽默飛腸道菌群研究方案 16s rRN

38、A Sequencing Shortgun Sequencing,,,賽默飛助力中國腫瘤免疫治療研究,30,,,賽默飛腫瘤精準醫(yī)療研究全方位解決方案,,Oncology research specimen,Routine research,Translational,FFPE-basedsolutions,Liquid biopsysolutions,Immuno-oncologysolutions,+,+,,,,Full ch

39、aracterization of oncology samples,Oncomine? FocusAssay,Oncomine?Comprehensive Assay,Oncomine? BRCAResearch Assay,Oncomine? Pan- Cancer Cell-Free Assay,Oncomine? cfDNA Assaysfor Lung, Breast, Colon,Oncomine? Tum

40、or Mutation Load Assay,Ion AmpliSeq? Immune Repertoire Assay Plus,TCR ?,Oncomine? Immune Response Research Assay,Heme-oncology solutions,Liquid biopsy solutions,Immuno-oncology solutions,Oncomine? Lung cfTNA Re

41、search Assay,Oncomine? Breast cfDNA Research Assay v2,FFPE-based solutions,Heme-oncologysolutions,+,,Oncomine? Myeloid Research Assay,31,Ion 16s宏基因組試劑盒,The content provided herein may relate to products that have n

42、ot been officially released and are subject to change without notice.For Research Use Only. Not for use in diagnostic procedures.,Page 3 Reference:1. Sharma P et al. Proc Natl Acad Sci U S A. 2007;104(10):3967-3972.2

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