fastqc在二代數(shù)據(jù)上的應(yīng)用

1、FastQC在二代測(cè)序數(shù)據(jù)質(zhì)控上的應(yīng)用隨著二代測(cè)序技術(shù)的成熟和測(cè)序成本的降低，高通量測(cè)序越來(lái)越多地用于科學(xué)研究中。與此同時(shí)，測(cè)序數(shù)據(jù)的處理問(wèn)題也隨之而來(lái)。如何從得到的海量數(shù)據(jù)中，提取出我們所需的部分成為關(guān)鍵。其中。測(cè)序數(shù)據(jù)的質(zhì)量是影響數(shù)據(jù)處理的關(guān)鍵，也是在數(shù)據(jù)分析前需進(jìn)行的首項(xiàng)分析。FastQC作為一款小巧的應(yīng)用于數(shù)據(jù)質(zhì)量控制的軟件，能對(duì)二代測(cè)序數(shù)據(jù)進(jìn)行快速的基本信息統(tǒng)計(jì)，給出相應(yīng)的圖表報(bào)告。因此，F(xiàn)astQC得到了越來(lái)越多的生物信息學(xué)

2、分析者的青睞。本文對(duì)FastQC的使用步驟及結(jié)果分析進(jìn)行了詳盡的闡述。1軟件的下載安裝從網(wǎng)上找到FastQC的下載網(wǎng)址，復(fù)制下載鏈接后，利用wget命令，進(jìn)行軟件安裝包的下載?；蛘咧苯酉螺d到本地（Linux系統(tǒng)）。利用unzip命令，對(duì)安裝包進(jìn)行解壓，解壓后進(jìn)入文件夾，并對(duì)fastqc的權(quán)限進(jìn)行修改chmod755fastqc，使得FastQC成為可運(yùn)行。2軟件的使用由于FastQC沒(méi)有圖形界面，其使用要利用命令行進(jìn)行。fastqc[o

3、outputdir][ffastq|bam|sam]seqfile1..seqfileNo用來(lái)指定輸出文件的所在目錄f用來(lái)強(qiáng)制指定輸入文件格式e.g.softwareFastQCfastqcoFastQC_OUTfastq輸出的文件是包含有網(wǎng)頁(yè)（html）格式的壓縮文件夾，解壓后，通過(guò)網(wǎng)頁(yè)查看輸出結(jié)果。某位置出錯(cuò)概率為0.01時(shí)，其quality就是20。該圖顯示的測(cè)序質(zhì)量均較高。3.3每個(gè)芯片位置測(cè)序質(zhì)量該圖則是對(duì)測(cè)序機(jī)器的不同位點(diǎn)的

4、Flowcell的測(cè)序質(zhì)量進(jìn)行評(píng)估，顯示的是系統(tǒng)誤差。一般情況下，商業(yè)的測(cè)序公式，測(cè)序質(zhì)量較高，該項(xiàng)均為通過(guò)狀態(tài)，同時(shí)，商業(yè)公司會(huì)對(duì)原始的測(cè)序數(shù)據(jù)進(jìn)行處理，將測(cè)序質(zhì)量低的reads進(jìn)行去除。圖中，藍(lán)色部分是質(zhì)量較好的點(diǎn)，紅色越明顯則是測(cè)序質(zhì)量越低。3.4讀長(zhǎng)測(cè)序質(zhì)量的分布該項(xiàng)統(tǒng)計(jì)是對(duì)不同測(cè)序質(zhì)量的reads進(jìn)行了分布統(tǒng)計(jì)。橫軸顯示的是從低到高的質(zhì)量得分，縱軸則是在該質(zhì)量下的reads數(shù)目分布。因此，數(shù)據(jù)質(zhì)量越高，其主要部分越偏右，下圖的