人類和小鼠中環(huán)狀RNA鑒定及分析.pdf

1、環(huán)狀RNA是一類呈閉合環(huán)狀結構的非編碼RNA分子。近年來，二代測序技術的興起和生物信息學的進步，使得大規(guī)模研究環(huán)狀RNA成為可能。目前，關于環(huán)狀RNA的研究仍然處在初步發(fā)展的階段，還有很多環(huán)狀RNA的功能是未知的，已有的成環(huán)機制尚不完善。
　　本文利用4個人類細胞系和1個小鼠細胞系的RNA-Seq數據，使用三種環(huán)狀RNA鑒定工具find circ，CIRCexplorer和CIRI，同時綜合了ChIA-PET數據等來探討環(huán)狀RNA

2、的成環(huán)機制。分析內容主要包括環(huán)狀RNA鑒定、特征分析、成環(huán)機制探究，Host基因參與的染色質交互網絡，及環(huán)狀RNA功能相關的初步分析等。具體結果如下:
　　在K562，GM12878，HeLa，hESC和mESC中分別鑒定出3275，2682，1501，1819，708個環(huán)狀RNA，分別來自1871，1687，1070，1264，571個host基因，這些高可信度的環(huán)狀RNA用于后續(xù)分析。
　　絕大多數環(huán)狀RNA傾向于使用轉

3、錄本中間的外顯子成環(huán)，具有較長的側翼內含子，側翼內含子上富集Alu元件及SRSF3等蛋白的結合位點。其表達具有細胞特異性，且細胞系間越保守的環(huán)狀RNA，其表達量越高。少數轉錄本第一個和最后一個外顯子也能參與形成環(huán)狀RNA。
　　我們使用RNAPⅡ的ChIA-PET數據，找出側翼內含子間有染色質交互的環(huán)狀RNA，與側翼內含子互補配對的環(huán)狀RNA進行比較，在GM12878中，我們發(fā)現染色質交互對于環(huán)狀RNA的表達量具有顯著的影響，相反