基于SVM的蛋白質(zhì)可溶性預(yù)測及HBV中變異的模式分析研究.pdf

1、蛋白質(zhì)是人類生命活動息息相關(guān)的生物大分子，本文從計算科學(xué)的角度研究分析蛋白質(zhì)。本文主要分為兩個部分:第一部分通過分析提取蛋白質(zhì)的特征然后應(yīng)用SVM的方法從蛋白質(zhì)的一級結(jié)構(gòu)出發(fā)預(yù)測蛋白質(zhì)的可溶性;第二部分從統(tǒng)計模式分析并應(yīng)用計算機(jī)軟件方法，探索乙肝病毒氨基酸的變異模式。
　　1)在機(jī)器學(xué)習(xí)中，特征作為學(xué)習(xí)數(shù)據(jù)的表示，特征選擇結(jié)果的好壞直接影響著分類器的分類精度和泛化性能，因此有效的特征選擇方法至關(guān)重要。支持向量機(jī)作為目前應(yīng)用最廣泛的

2、機(jī)器學(xué)習(xí)模型之一，在文本分類、圖像識別、生物信息學(xué)等各個方面都有重要的應(yīng)用。蛋白質(zhì)作為一切細(xì)胞、組織的重要成分，在生命活動中扮演著決定性的作用，蛋白質(zhì)的是否可溶，決定了它是否能發(fā)揮功能，而且有一系列的疾病都是由于機(jī)體的蛋白質(zhì)可溶性發(fā)生變化造成的，因此，蛋白質(zhì)的可溶性的重要程度毋庸置疑。本文應(yīng)用SVM的模型，根據(jù)蛋白質(zhì)氨基酸的理化性質(zhì)以及蛋白質(zhì)的序列特征，從計算科學(xué)的角度出發(fā)，訓(xùn)練出蛋白質(zhì)可溶性預(yù)測的模型，然后應(yīng)用得到的模型預(yù)測新的蛋白質(zhì)

3、序列的可溶性。經(jīng)過與前人工作的比較，我們得到分類效果較優(yōu)的蛋白質(zhì)可溶性特征以及預(yù)測模型。
　　2)乙型肝炎是一種流行性廣、危害嚴(yán)重的傳染性炎癥疾病，目前尚無徹底的根治方法，只能通過有效的疫苗接種來預(yù)防。本文應(yīng)用統(tǒng)計分析的方法，研究乙型肝炎病毒蛋白質(zhì)的變異數(shù)據(jù)，分析該病毒四種蛋白質(zhì)中氨基酸的變異趨勢，找到部分氨基酸變異的模式;然后運(yùn)用模式分析軟件，分析乙型肝炎病毒四個蛋白質(zhì)的抗原表位，結(jié)合氨基酸的變異信息，得到變異比較活躍的抗原表位