無參考基因組的比較基因組學研究.pdf

1、我們對系統(tǒng)比較的方法學原理做了深入的思考，揭示出上下文-對象表示法是一種便于比較的形式。同時指出，兩可類比系統(tǒng)之間的差異程度與比較的次序無關，這一原理在比較基因組學中甚為有用，它表明同源位點的比對順序信息對兩基因組之間的p-距離計算以及其他基于p-距離的進化距離計算是無用的，因此原則上用距離法構建系統(tǒng)發(fā)生樹無需完整的序列，也無需序列比對。
　　我們提出了生物序列的上下文-對象表示法及其一般化形式，這種表示法可用于快速尋找同源位點，

2、但它不考慮同源位點之間的序列關系。我們提出了co-phylog算法，該算法將基因組序列表示成上下文-對象形式，從而能夠在沒有完整基因組序列的情況下給出兩基因組之間的進化距離，進而構建出系統(tǒng)發(fā)生樹。在近源物種的系統(tǒng)發(fā)生研究中，co-phylog算法所構建的系統(tǒng)發(fā)生樹與基于完整基因組序列比對法構建的系統(tǒng)發(fā)生樹吻合。
　　我們借助co-phylog算法，用公共的全基因組高通量測序數(shù)據(jù)對一些系統(tǒng)發(fā)生關系未知的屬進行研究，給出推測性的系統(tǒng)發(fā)