鴨1號染色體上功能基因的物理定位及其比較基因組學研究.pdf

1、應用熒光原位雜交技術(Fluorescence in situ Hybridization，F(xiàn)ISH)構建的物理圖譜及比較物理圖譜為生物的進化研究及功能基因的克隆鑒定等提供了重要依據(jù)。為豐富鴨的物理圖譜及鴨與雞等模式生物的比較物理圖譜，本研究從NCBI序列數(shù)據(jù)庫中篩選了10個鴨的功能基因 (adiponectin receptor 2，ADIPOR2；Insulin-like growth factor 1，IGFl；very low

2、density apolipoprotein Ⅱ，apoVLDL-Ⅱ；T cell antigen CD4，CD4；histone H1 gene，H1；Toll-like receptor 7,TLR7； alpha-A-crystallin， APRAAC； cyclin-dependent kinase inhibitor, CDKN1B； glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase-like

3、 protein，GAPDH；Na+/K+ATPase betal，ATPlBl)，并設計特異PCR引物，利用四維二步PCR法從本實驗室構建的鴨BAC文庫中篩選含有目標基因的BAC克隆，以鴨BAC DNA為探針、鴨胚成纖維細胞制備的中期染色體為雜交標本，對上述10個鴨功能基因進行物理定位。用10個基因的熒光原位雜交結果與鴨標準化G-帶模式圖比較，其定位結果為：ADIPOR2，lpl.1：IGFl，lpl.1-lpl.3；apoVLDL-

4、Ⅱ，lql.3-lq2.1；CD4，lql.2-lql.3；H1，lpl.6-lp2.1；TLR7，lq2.1-lq2-3；APRAAC，lq2.1-lq2.2；CDKNlB，lpl.1；GAPDH，lql.1；ATPlBl，lql.1-lql.2。 用這10個基因與雞上已經(jīng)進行了物理定位的4個基因進行比較，位于雞lpl.4-lq2.1這個區(qū)段上，分布于著絲粒兩側。相應的鴨的這四個基因的定位結果位于鴨lpl.3-lq2.1的區(qū)段

5、上，說明雞1號染色體上的lpl.4-1q2.1區(qū)段同源于鴨1號染色體上的lpl.3-lq2.1區(qū)段。通過這10個基因在鴨1號染色體上的物理定位以及在雞1號染色體上的物理圖譜的相比較，可以看出這10個基因在鴨與雞1號染色體的同線性并不完全一致，位于著絲粒附近的3個基因ATPlBl、CD4和apoVLDL-Ⅱ的同線性發(fā)生了變化，而其它7個基因的同線性一致，說明鴨和雞的1號染色體上靠近著絲粒的區(qū)段在進化過程中發(fā)生了重排，而遠離著絲粒的區(qū)段基因

6、的排列順序相對比較保守。 以10個基因的物理定位結果與人和小鼠的物理圖譜相比較，ADIPOR2、CD4、GAPDH、CDKNlB四個基因相對比較集中，且分別定位于鴨1號染色體上lpl.1-lql.3區(qū)段、小鼠6號染色體上的6F1-6G2區(qū)段以及人12號染色體上的12p12.1-12p13.33區(qū)段?？沙醪秸f明這三個物種染色體上的這三個區(qū)段保守程度較高。但這4個基因在這3個物種上的同線性關系都不一致，可能是因為在漫長的進化的過程中