白血病淋巴瘤患者分子遺傳學(xué)異常與預(yù)后相關(guān)性研究.pdf

1、本文主要從以下幾方面進(jìn)行了論述。
　　第一部分 急性粒細(xì)胞白血病患者轉(zhuǎn)錄組研究
　　目的：(1)篩選和鑒定急性粒細(xì)胞白血病M2型不同發(fā)病階段差異表達(dá)的基因,并對(duì)差異表達(dá)基因做GO功能分析和KEGG Pathway分析,了解差異表達(dá)基因的生物學(xué)功能,確定其參與的最主要生化代謝和信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)途徑。(2)通過(guò)將急性粒細(xì)胞白血病M2型不同發(fā)病階段的轉(zhuǎn)錄組序列與人類參考基因組進(jìn)行比對(duì),分析并篩選發(fā)病相關(guān)的單核苷酸多態(tài)性位點(diǎn)及融合基因。

2、r>　　方法：通過(guò)高通量測(cè)序的方法對(duì)一例正常核型急性粒細(xì)胞白血病(AML-M2)患者初診時(shí)及緩解后外周血樣本進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組測(cè)序,應(yīng)用TopHat和Bowtie軟件進(jìn)行讀段在人類參考基因組及轉(zhuǎn)錄組上的定位,運(yùn)行Cuffdiff程序計(jì)算轉(zhuǎn)錄本豐度和差異表達(dá)基因,運(yùn)行DAVID程序?qū)Σ町惐磉_(dá)基因進(jìn)行GO和KEGG通路的注釋和富集分析;對(duì)白血病相關(guān)基因JAK1、JAK2、TET2、ASXL1、IDH2、WT1、BCR、ABL1、JAK3、GATA2

3、、HOXA9、FLT3、IDH1表達(dá)情況進(jìn)行篩選分析;利用BWA和varscan兩個(gè)軟件進(jìn)行SNV篩選。通過(guò)對(duì)初診時(shí)和緩解后表達(dá)基因的比較,篩選可能與白血病發(fā)生相關(guān)的單核苷酸變異(SNV),對(duì)這些突變進(jìn)行分子功能及代謝通路分析。
　　結(jié)果：(1)通過(guò)對(duì)發(fā)病期及緩解期表達(dá)基因比較,篩選到4148個(gè)差異表達(dá)基因(FDR<0.05),其中上調(diào)差異基因1336個(gè),下調(diào)差異基因2812個(gè)。差異表達(dá)基因富集于140個(gè)GO術(shù)語(yǔ)和26個(gè)KEGG通

4、路,主要與免疫反應(yīng)、信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)相關(guān)。其中白血病相關(guān)基因 WT1、BCR、ABL1、JAK3、GATA2、HOXA9、FLT3、IDH1為差異表達(dá)基因。(2)通過(guò)SNV分析最終獲得11個(gè)突變基因(p<0.05),包括ZRSR1、MLXIP、TLN1、LAP3、HK3等。
　　結(jié)論：(1)RNA-Seq為我們提供了急性白血病患者體內(nèi)基因表達(dá)譜,通過(guò)1例AML-M2患者的治療前和完全緩解后轉(zhuǎn)錄組比較分析研究,發(fā)現(xiàn)了白血病患者異常表達(dá)基因,

5、為進(jìn)一步探索AML的發(fā)病機(jī)制提供了新的線索。(2)急性白血病的發(fā)生和發(fā)展與患者體內(nèi)的多種基因異常有關(guān),可以表現(xiàn)為獲得性突變(MLXIP、HK3、TLN1、ICAM-3)、差異表達(dá)(WT1、BCR、ABL1、JAK3、GATA2、HOXA9、FLT3、IDH1)、形成融合基因等多種形式。除了目前已知的基因異常外還有更多的基因表達(dá)異常尚未能被充分認(rèn)識(shí)。
　　第二部分 BCL6、MYC、P53基因異常對(duì)彌漫大B細(xì)胞淋巴瘤預(yù)后的影響

6、>　　目的：探討B(tài)CL6、MYC、P53基因異常對(duì)彌漫大B細(xì)胞淋巴瘤(diffuse large B-cell lymphoma,DLBCL)患者預(yù)后影響,篩選DLBCL獨(dú)立的預(yù)后因素,為DLBCL患者臨床預(yù)后判斷及分層治療的選擇提供依據(jù)。
　　方法：收集我院2009年-2012年有完整隨訪資料的新診斷的DLBCL患者的病理標(biāo)本65例,采用間期熒光原位雜交技術(shù)(interphase fluorescence in situ hyb

7、ridization, I-FISH)分別檢測(cè)患者標(biāo)本腫瘤細(xì)胞BCL6、MYC重排、P53缺失情況,并結(jié)合臨床指標(biāo)及免疫組化結(jié)果進(jìn)行多因素生存分析。
　　結(jié)果：1.BCL6重排率為21.5％(14/65),P53缺失率為35.4％(23/65),MYC重排率為7.7％(5/65)。2.MYC重排均屬GCB亞型,且BCL2蛋白均為陽(yáng)性,在不同Ki67水平之間具有顯著差異性(P<0.05)。BCL6重排與BCL6蛋白表達(dá)之間無(wú)明顯相關(guān)

8、性。3.BCL6重排組預(yù)后明顯不良(P=0.027)。COX多因素生存分析表明,性別、BCL6蛋白、BCL6重排、Ki67是IPI以外的獨(dú)立預(yù)后影響因素。
　　結(jié)論：1.BCL6基因重排與BCL6蛋白表達(dá)之間無(wú)明顯相關(guān)性。2.BCL6分別從基因和蛋白水平影響DLBCL患者預(yù)后,且兩者均是DLBCL患者獨(dú)立的預(yù)后影響因素。3.單獨(dú)的MYC重排與預(yù)后無(wú)關(guān),必需同時(shí)在基因水平或蛋白水平上分析“二次打擊”對(duì)DLBCL預(yù)后影響。4.P53缺