鼻咽癌易感基因miRNA結合位點多態(tài)性研究.pdf

1、microRNAs（miRNA）是一種內(nèi)源性的長22nt的單鏈小分子RNA，是一組不編碼蛋白質(zhì)的短序列RNA。miRNA通過與靶基因mRNA3’非翻譯區(qū)（3'Untranslated regions，3'UTR）的結合，在轉(zhuǎn)錄后水平降解mRNA或抑制翻譯，調(diào)節(jié)基因的表達。miRNA與靶基因結合的關鍵部位稱為“種子區(qū)域”（seed region miRNA5’末端開始2-7個核甘酸），與miRNA3'UTR通過堿基配對結合。單核甘酸多態(tài)性

2、是（SNPs）人類可遺傳的變異中最常見的一種，前期研究已經(jīng)證實miRNA靶位點序列中，存在有功能的SNPS。那么位于miRNA靶標位點的SNP會不會影響miRNA的功能及靶基因的表達昵？從2007年開始，部分學者開始從事這方面的研究，最近的研究已經(jīng)證實了某些miRNA靶標位點的SNP與乳腺癌、結腸癌、肺癌、胃腸癌發(fā)病有關。 然而，miRNA靶位點的單核酸多態(tài)性對鼻咽癌的發(fā)病是否有影響，與疾病發(fā)生、發(fā)展、預后的關系目前仍知之甚少，

3、因此本研究的目的是通過生物信息學預測、篩選鼻咽癌易感基因3'UTR潛在的microRNA靶位點，并發(fā)掘靶標區(qū)域SNP位點，結合病例一對照研究，探討miRNA靶標位點基因多態(tài)性與鼻咽癌發(fā)病的關系。 首先通過文獻回顧，我們總結了鼻咽癌的七大特征所涉及到的82個易感基因：持續(xù)生成新生血管、逃避凋亡、生長信號的自足性、抗生長信號的不敏感性、無限增殖潛能、組織侵襲與轉(zhuǎn)移、腫瘤相關的炎癥等。在NCBI數(shù)據(jù)庫中下載了82個候選基因3'UTR的

4、SNPs，利用miRanda，PicTar，TargetScans，和RNAfold webserve網(wǎng)站預測SNP位點的microRNA靶標和自由能，以與“種子”序列嚴格堿基互補配對的位點作為候選microRNA靶位點。最終在82個基因里找到220個SNPs存在于潛在的miRNA靶位點中，挑選在鼻咽癌中高表達，3'UTRSNP等位基因頻率（MAF>0.05）且miRNA結合自由能相對較小的9個基因（EGFR，COX2，CCNE1，hT

5、ERT，MMP2，MMP9，NF-κB VEGF and WNT3）進行實驗驗證。 實驗首先隨機選取12例患者和12例對照DNA，通過直接測序法篩選9個候選基因3'UTR的SNPs，結果篩選出EGFR rs884225，CCNE1 rs3218073 and MMP2 rs72013個SNPs用于下一步實驗。然后，采用病例-對照的研究方法，選取廣東地區(qū)167例鼻咽癌患者和171例正常對照為研究對象，針對已經(jīng)篩選出來的SNPs進行

6、批量PCR擴增和測序分型。 研究結果表明：在鼻咽癌總體樣本中CCNE1基因多態(tài)位點（rs3218073）中，攜帶T等位基因的基因型TC+TT（OR=1.585；95% CI=1.023～2.458 P=0.046），及等位基因T（OR=1.464，95% CI=1.012～2.118；P=0.042）顯著增加了鼻咽癌患病風險。進一步分層分析表明，雜合子變異型TC（OR=1.959，P=0.043）和等位基因T（OR=2.123，

7、P=0.006）在原發(fā)腫瘤T3-T4分期中分布明顯，此外，基因型TC（OR=1.959，P=0.043）和等位基因T（OR=2.123，P=0.006）與較晚臨床分期（Ⅲ-Ⅳ期）有關。MMP2 rs7201位點基因型分析，選取了116例鼻咽癌患者和143例正常對照，MMP2 rs7201多態(tài)性與鼻咽癌易感性不存在關聯(lián)，（雜合子變異型AC OR=0.69，95% CI=0.404～1.124，p=0.209；等位基因C OR=0.769，

8、95%CI=0.509～1.161，p=0.135）。以167例鼻咽癌患者和171例為研究對象分析EGFR多態(tài)位點（rs884225）基因型分布，EGFR rs884225多態(tài)性與鼻咽癌發(fā)病風險無統(tǒng)計學差異（雜合子AG OR=1.375，95% CI=0.850～2.224 p=0.194；純合子變異型GG OR=0.844，95% CI=0.460～1.550 p=0.584；等位基因G OR=0.969，95%CI=0.714～1.