馬鈴薯(Solanum tuberosum)microRNA的生物信息學鑒定及miR172、miR399b過表達載體的構建.pdf

1、MicroRNA（miRNA）是一類調控基因轉錄后表達非編碼的小分子RNA，它在生物發(fā)育、細胞增殖以及脅迫響應等過程中發(fā)揮著重要的調控作用。目前，分離和鑒定miRNA的方法主要包括直接克隆法和生物信息學方法。部分miRNA存在表達豐度低，表達組織特異性，以及受特殊誘導等問題，用傳統(tǒng)的實驗法常難發(fā)現和鑒定這類miRNA。通過生物信息學方法在已有的各種基因庫中尋找未知miRNA，大大提高了人們發(fā)現miRNA及其靶基因的效率。馬鈴薯（Sola

2、num tuberosum）是一種種植十分廣泛的作物，是歐洲、美洲等地人們的主食，也是生產淀粉和生物能源的重要原料。目前對植物miRNA的預測研究還只是集中在一些模式植物中，對馬鈴薯等其他作物還鮮有涉及。本文中，我們以公布的擬南芥、水稻以及其它植物的miRNA序列為基礎，搜尋馬鈴薯植物同源miRNA及其靶基因，所需的數據主要來源于GenBank上的EST及mRNA數據庫。研究采用生物信息學手段，首次在馬鈴薯中預測到了22個潛在miRNA

3、。并且用預測的22個miRNA進一步預測相應的靶基因，結果得到了75個靶基因。通過對靶基因的功能研究發(fā)現，許多靶基因與馬鈴薯的發(fā)育，信號轉導，脅迫響應等密切相關。同時基于RT-PCR的方法，對馬鈴薯pre-miRNA進行了根、莖、葉組織特異性表達實驗。并發(fā)現每種miRNA在不同的器官中表達量不一致。本文同時構建了pre-miR172和pre-miR399b的過表達載體，以期繼續(xù)探究miR172和miR399b在馬鈴薯中的調控作用。本研究