腫瘤相關(guān)基因3’UTR單核苷酸多態(tài)性與瀘州地區(qū)人群結(jié)直腸癌易感性相關(guān)研究.pdf

1、研究背景及目的:結(jié)直腸癌(Colorectal Cancer，CRC)是人類第3大常見惡性腫瘤，在中國，惡性腫瘤已躍居主要疾病死亡率的首位，且結(jié)直腸癌排在危害最大的惡性腫瘤第5位，由于腫瘤發(fā)生的隱匿性，往往發(fā)現(xiàn)時(shí)已是中晚期，對患者的生存率和生存質(zhì)量都有不可挽回的影響。因此，研究結(jié)直腸癌的發(fā)病機(jī)制，尋找其早期診斷、預(yù)防以及預(yù)后的分子標(biāo)志就顯得尤為重要。
　　結(jié)直腸癌是一個(gè)多基因參與、多因素作用的復(fù)雜疾病。單核苷酸多態(tài)性（Single

2、 Nucleotide Polymorphism，SNP）是廣泛分布于人類基因組中的穩(wěn)定的多態(tài)性位點(diǎn)，其最低等位基因頻率＞0.1，能夠較好的反映個(gè)體遺傳背景及個(gè)體差異。近年來，生物信息技術(shù)的發(fā)展和人類基因組計(jì)劃的成功進(jìn)行，提供了大量的SNPs遺傳信息及實(shí)現(xiàn)對SNPs快速化、自動化、規(guī)模化檢測的技術(shù)手段，使得SNPs在腫瘤的預(yù)后評估方面具有廣闊的應(yīng)用前景。目前，人類基因組中已發(fā)現(xiàn)超過1000萬個(gè)SNPs位點(diǎn)，其中有相當(dāng)一部分多態(tài)性位點(diǎn)落在

3、了3'端非翻譯區(qū)(3'Untranslated Region，3'UTR)。最近的研究已經(jīng)證實(shí)，這些位于3'端非翻譯區(qū)的SNPs可能會通過影響microRNA(miRNA)在內(nèi)的多種binding蛋白與mRNA的結(jié)合及改變mRNA的空間構(gòu)象等方式影響mRNA的穩(wěn)定性，從而參與靶基因轉(zhuǎn)錄后調(diào)控。
　　本項(xiàng)研究的目的是篩選并探討結(jié)直腸癌相關(guān)基因3'UTR單核苷酸多態(tài)性，分析其與結(jié)直腸癌臨床病理特征的相關(guān)性，為結(jié)直腸癌預(yù)防、早期發(fā)現(xiàn)、早

4、期診斷提供實(shí)用可靠的理論，為進(jìn)一步結(jié)直腸癌發(fā)病的分子機(jī)制及基因表達(dá)調(diào)控研究提供理論基礎(chǔ)。
　　材料及方法:本研究采用“病例-對照”實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)，(1)研究對象為經(jīng)病理診斷證實(shí)的瀘州及周圍地區(qū)漢族人群結(jié)直腸癌病例371例，同時(shí)收集患者一般個(gè)人資料，包括姓名、性別、年齡、吸煙狀況、飲酒情況和家族史等;患者手術(shù)史;臨床病理資料（病理分型，分化程度，臨床分期）。同時(shí)收集同期、同地區(qū)健康體檢者246例作為對照，性別、年齡與病例組相匹配。(2)數(shù)

5、據(jù)庫使用美國國立環(huán)境健康科學(xué)研究所(National Institute ofEnvironmental Health Sciences，NIEHS)，美國國立生物技術(shù)信息中心(National Center for Biotechnology Information，NCBI)，國際人類基因組單體型圖計(jì)劃（The International Hap Map Project，Hapmap）等數(shù)據(jù)庫提供的SNPs公共數(shù)據(jù)庫資源平臺網(wǎng)站對結(jié)

6、直腸癌相關(guān)基因APC、KRAS、VEGF、TGFBR1的3'UTR單核苷酸多態(tài)性進(jìn)行初步的生物信息學(xué)篩選及功能預(yù)測。(3)利用iMLDR法對617份DNA樣本進(jìn)行相關(guān)基因SNPs基因型檢測。(4)通過卡方檢驗(yàn)、t檢驗(yàn)探討候選位點(diǎn)多態(tài)性與結(jié)直腸癌患病風(fēng)險(xiǎn)之間的關(guān)聯(lián)以及與結(jié)直腸癌患者的臨床病理參數(shù)（腫瘤部位、大小、大體類型、組織學(xué)類型、浸潤深度、分化程度、TNM分期）的關(guān)系，以明確候選位點(diǎn)與結(jié)直腸癌易感性的關(guān)系。擬合優(yōu)度x2檢驗(yàn)(Goodn

7、ess-of-fit Chi-squaretest)分析病例及對照組基因型頻率的分布是否符合H-W平衡;連鎖不平衡和單倍體型分析:應(yīng)用Haploview4.0及SHEsis-online軟件分析單倍體型及每種單倍體型在病例組和對照組之間的分布差異。
　　結(jié)果:(1)流行病學(xué)資料分析:結(jié)直腸癌組和健康對照組之間年齡、性別分布、吸煙情況和飲酒情況無統(tǒng)計(jì)學(xué)差異，差異不顯著(p＞0.05)。(2)H-W平衡檢驗(yàn):候選SNPs位點(diǎn)在病例組和

8、對照組分布均符合H-W平衡，差異不顯著(p＞0.05)。(3) SNPs位點(diǎn)等位基因多態(tài)性分析結(jié)果:rs334348、rs334349、rs3025039、rs3025040和rs1804197位點(diǎn)等位基因頻率分布與結(jié)直腸癌組和健康對照組之間差異有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義，差異顯著(p＜0.05)。(4)SNPs位點(diǎn)基因型多態(tài)性分析結(jié)果:rs3025040 CC/CT+TT基因型OR=0.696(0.489～0.992), rs1804197 CC/

9、AA+AC基因型OR=1.584(1.130～2.220)。(5)基因單體型分析結(jié)果:本研究候選基因未找到結(jié)直腸癌易感性相關(guān)單倍體。
　　結(jié)論:(1) KRAS基因上rs1137188與rs9266位點(diǎn)、TGFBR1基因上rs334348與rs334349位點(diǎn)、VEGF基因上rs3025039與rs3025040位點(diǎn)存在完全連鎖不平衡。(2) TGFBR1基因3'UTR多態(tài)性位點(diǎn)rs334348、rs334349與結(jié)直腸癌易感性相

10、關(guān)。其中rs334348位點(diǎn)攜帶A等位基因及rs334349位點(diǎn)攜帶G等位基因個(gè)體，結(jié)直腸癌患病風(fēng)險(xiǎn)高。(3) VEGF基因3'UTR多態(tài)性位點(diǎn)rs3025039、rs3025040與結(jié)直腸癌易感性相關(guān)。攜帶T等位基因個(gè)體結(jié)直腸癌患病風(fēng)險(xiǎn)高。rs3025039位點(diǎn)TT+CT基因型個(gè)體患病風(fēng)險(xiǎn)較CC基因型個(gè)體高。(4)VEGF基因3'UTR多態(tài)性位點(diǎn)rs10434、rs3025053與結(jié)直腸癌易感性無相關(guān)性。(5) APC基因3'UTR多