室間隔缺損患者繼發(fā)肺動(dòng)脈高壓后右心耳mRNAs和血清lncRNAs表達(dá)譜變化的研究.pdf

1、目的：結(jié)合前期對(duì)照室間隔缺損患者繼發(fā)肺動(dòng)脈高壓后右心耳mRNAs和lncRNAs的表達(dá)變化結(jié)果，進(jìn)一步對(duì)數(shù)據(jù)分析得出lncRNAs和mRNAs的共表達(dá)結(jié)果，選擇關(guān)鍵信號(hào)通路結(jié)點(diǎn) mRNAs行右心耳組織實(shí)時(shí)熒光定量PCR和血清LncRNAs實(shí)時(shí)熒光定量PCR，得到血清中可能預(yù)測(cè)肺動(dòng)脈高壓進(jìn)展快慢的生物標(biāo)志物。
　　方法：將室間隔缺損患者按繼發(fā)中重度肺動(dòng)脈壓和未繼發(fā)肺動(dòng)脈高壓,分別納入實(shí)驗(yàn)組和對(duì)照組各4例，在體外循環(huán)手術(shù)中切取少量右心

2、耳組織，且同期獲得患者血清，提取總 RNA經(jīng)質(zhì)量檢測(cè)合格后用于雜交合成 cDNA，再經(jīng)過(guò)芯片掃描儀掃描后進(jìn)行數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換并統(tǒng)計(jì)分析,得到lncRNAs和mRNAs數(shù)據(jù)。以Fold Change>2, P＜0.05作為差異基因納入標(biāo)準(zhǔn),獲得差異lncRNAs和mRNAs表達(dá)譜。針對(duì)所有差異表達(dá)lncRNAs和差異已知編碼蛋白質(zhì)mRNAs，計(jì)算差異lncRNAs和差異已知編碼蛋白質(zhì) mRNAs之間的皮爾遜相關(guān)系數(shù)(Pearson Correla

3、tion Coefficient)。根據(jù)皮爾遜相關(guān)系數(shù)絕對(duì)值域值0.9和相關(guān)性顯著性P值0.01來(lái)構(gòu)建差異lncRNAs與差異已知編碼蛋白質(zhì)mRNAs之間的共表達(dá)調(diào)控網(wǎng)絡(luò)，選取mRNAs基因差異表達(dá)程度前20個(gè)和lncRNAs基因差異表達(dá)程度前20個(gè)進(jìn)行網(wǎng)絡(luò)展示。根據(jù) K-core評(píng)價(jià)基因在網(wǎng)絡(luò)中的調(diào)控地位，以及根據(jù) Clustering Coefficient衡量這個(gè)基因與鄰近基因的關(guān)系密度。結(jié)合K-core與Clustering C

4、oefficient結(jié)果，根據(jù)GOs功能分析以及KEGGs信號(hào)通路分析選擇網(wǎng)絡(luò)中具有更重要調(diào)控價(jià)值的 mRNAs和 lncRNAs。對(duì)肺高壓室間隔缺損患者組以及非肺高壓室間隔缺損患者組右心耳組織進(jìn)行PCR檢測(cè)選出 mRNAs的表達(dá)水平，同時(shí)將同期獲得的血清行 PCR檢測(cè)選出lncRNAs的表達(dá)水平。
　　結(jié)果：實(shí)驗(yàn)組和對(duì)照組基因表達(dá)譜比較：lncRNAs的表達(dá)水平有813個(gè)顯著上調(diào)，541個(gè)顯著下調(diào)；mRNAs的表達(dá)水平有527個(gè)

5、顯著上調(diào),268個(gè)顯著下調(diào)。根據(jù)基因在調(diào)控網(wǎng)絡(luò)中度(Degree)的大小以及K-core，篩選關(guān)鍵調(diào)控基因，共計(jì)75個(gè)（包含lncRNAs與mRNAs）。結(jié)合GOs功能分析以及 KEGGs信號(hào)通路分析上述75個(gè)關(guān)鍵調(diào)控基因，選擇TNNT3、SAA1、TCONS_00008552、ENST00000433673作為備選基因。根據(jù)皮爾遜相關(guān)系數(shù)計(jì)算得出：TNNT3與ENST00000433673之間的相關(guān)系數(shù)為0.998965；SAA1與T

6、CONS_00008552之間的相關(guān)系數(shù)為0.998903。實(shí)驗(yàn)組與對(duì)照組右心耳組織PCR驗(yàn)證結(jié)果提示：實(shí)驗(yàn)組較對(duì)照組TNNT3、SAA1基因表達(dá)水平明顯上調(diào)，差異有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義。實(shí)驗(yàn)組與對(duì)照組血清PCR驗(yàn)證結(jié)果提示：實(shí)驗(yàn)組TCONS_00008552基因表達(dá)水平明顯上調(diào)，差異有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義；ENST00000433673基因兩組無(wú)明顯差異。
　　結(jié)論：右心耳組織是室間隔缺損并發(fā)肺動(dòng)脈高壓機(jī)理研究較好的組織來(lái)源。差異表達(dá)的lncRNA

7、s或mRNAs可能參與肺動(dòng)脈高壓的形成，且lncRNAs可能是通過(guò)廣泛參與mRNAs表達(dá)的調(diào)控來(lái)實(shí)現(xiàn)的。75個(gè)關(guān)鍵調(diào)控基因中的HP、TF、TNNT3、SAA1、FGFBP1、FABP2、FAP、S100A12、NR_038286、TCONS_00008552等基因的生物學(xué)信息與肺動(dòng)脈高壓形成的調(diào)控過(guò)程有較好的一致性。實(shí)驗(yàn)組右心耳組織中TNNT3、SAA1基因較對(duì)照組中的表達(dá)水平有明顯差異，血清中TCONS_00008552基因表達(dá)水平較