不同剪接頻率外顯子的組成特征分析.pdf

1、目前，選擇性剪接已被用來作為人類和小鼠中蛋白編碼基因數(shù)目和功能復(fù)雜性之間的矛盾的一種解釋。選擇性剪接是在進化過程中在轉(zhuǎn)錄后水平上通過去除或保留外顯子，從而對基因表達進行調(diào)控的一種重要機制，目前的生物信息學(xué)研究和實驗研究都已經(jīng)揭示了選擇性剪接正在脊椎動物中以很高的頻率發(fā)生。盡管選擇性剪接及其剪接機制都已被展示，并且順式調(diào)控序列對于準確的剪切位點識別和外顯子定義的重要性也被詳細的報道，但是對于發(fā)生不同的剪接頻率的選擇性剪接外顯子的調(diào)控機制還

2、沒有被廣泛的研究，是什么導(dǎo)致不同的外顯子發(fā)生分化剪接？這些以不同的頻率發(fā)生分化剪接的外顯子是否經(jīng)歷著某些潛在調(diào)控元件或潛在調(diào)控信號的分化調(diào)控？以往的研究總是把外顯子總體分為選擇性的和組成性的兩大類，在本文的研究中，我們把發(fā)生選擇性剪接的人類和同源小鼠基因的外顯子根據(jù)剪接頻率的不同分為四種類型，利用ESEfinder等生物軟件和其他各種生物信息學(xué)方法，以人類選擇性剪接基因和同源小鼠基因為研究對象，對其剪接頻率不同的外顯子做了大規(guī)模的組成成

3、分分析，包括外顯子剪接增強子(ESEs)調(diào)控元件、外顯子長度、GC含量和重復(fù)元件，來試圖揭示外顯子的各種組成特征與外顯子的不同剪接頻率之間存在的潛在關(guān)系。結(jié)果表明，不同類型的外顯子有著不同的組成特征和調(diào)控特征，隨著剪接頻率的降低，外顯子平均長度增長，GC含量升高，剪接調(diào)控元件和重復(fù)元件也有較高的富集。這就表明，剪接頻率是很可能被這些調(diào)控因子所影響的，從而說明以往的將發(fā)生選擇性剪接的外顯子總體分為兩類就有可能忽視了不同剪接頻率的外顯子之間