基于轉(zhuǎn)錄組測(cè)序數(shù)據(jù)計(jì)算識(shí)別RNA編輯位點(diǎn)和可變剪接事件.pdf

1、蘇州大學(xué)學(xué)位論文獨(dú)創(chuàng)性聲明本人鄭重聲明：所提交的學(xué)位論文是本人在導(dǎo)師的指導(dǎo)下，獨(dú)立進(jìn)行研究工作所取得的成果。除文中已經(jīng)注明引用的內(nèi)容外，本論文不含其他個(gè)人或集體已經(jīng)發(fā)表或撰寫過的研究成果，也不含為獲得蘇州大學(xué)或其它教育機(jī)構(gòu)的學(xué)位證書而使用過的材料。對(duì)本文的研究作出重要貢獻(xiàn)的個(gè)人和集體，均已在文中以明確方式標(biāo)明。本人承擔(dān)本聲明的法律責(zé)任。論文作者簽名：塞絲毒El期：呈壁12：壘望：叢基于轉(zhuǎn)錄組測(cè)序數(shù)據(jù)計(jì)算識(shí)別RNA編輯位點(diǎn)和可變剪接事件中

2、文摘要基于轉(zhuǎn)錄組測(cè)序數(shù)據(jù)計(jì)算識(shí)別RNA編輯位點(diǎn)和可變剪接事件爭(zhēng)’l十中文摘要RNA編輯和可變剪接是兩種重要的轉(zhuǎn)錄后調(diào)控事件，有關(guān)RNA編輯和可變剪接的研究是功能基因組時(shí)代的重要前沿問題之一。本文主要圍繞RNA編輯位點(diǎn)和可變剪接事件的識(shí)別這一問題開展研究，主要包括下面兩部分內(nèi)容：首先，使用黑猩猩轉(zhuǎn)錄組測(cè)序(RNASeq)數(shù)據(jù)識(shí)別RNA編輯位點(diǎn)。通過RNASeq序列與基因組序列的比對(duì)信息發(fā)現(xiàn)RNADNA錯(cuò)配位點(diǎn)，并構(gòu)建編輯位點(diǎn)候選集。從中濾

3、除基因組測(cè)序質(zhì)量低的位點(diǎn)、單核苷酸多態(tài)性位點(diǎn)、隨機(jī)測(cè)序錯(cuò)誤等干擾，得到8334個(gè)RNA編輯位點(diǎn)。選取落在已知基因上的編輯位點(diǎn)進(jìn)行生物學(xué)功能分析，并分析編輯位點(diǎn)上下游序列的特征。其次，本文使用果蠅RNASeq數(shù)據(jù)識(shí)別剪接位點(diǎn)和可變剪接事件。使用TopHat軟件成功識(shí)別出39718個(gè)果蠅剪接位點(diǎn)，其中10584個(gè)新剪接位點(diǎn)?；诩艚游稽c(diǎn)的不同組合，針對(duì)各類型可變剪接特征開發(fā)出計(jì)算識(shí)別算法，成功應(yīng)用于可變供體位點(diǎn)、可變受體位點(diǎn)、內(nèi)含子保留和外

4、顯子缺失四種可變剪接類型。最終識(shí)別出8477個(gè)可變剪接事件，其中新可變剪接事件3922個(gè)。RTPCR(Reversetranscriptionpolymerasechainreaction)實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證了2個(gè)果蠅基因上新識(shí)別的可變剪接事件，發(fā)現(xiàn)了全新的剪接異構(gòu)體。本文基于RNASeq數(shù)據(jù)識(shí)別到大量的RNA編輯位點(diǎn)和新的可變剪接事件，為進(jìn)一步了解RNA編輯和可變剪接的機(jī)制提供數(shù)據(jù)支持。關(guān)鍵詞：RNASeq，RNA編輯，黑猩猩，可變剪接，黑腹果