大豆細胞質(zhì)基因組單倍型及其相互間的演化關(guān)系.pdf

1、本文選擇我國有代表性的野生大豆和栽培大豆地方品種為材料，研究大豆細胞質(zhì)基因組DNA序列多樣性及其在栽培馴化過程中的演變規(guī)律。旨在進一步了解大豆栽培馴化的分子過程，為揭示大豆起源與進化的分子機理提供必要的研究基礎(chǔ)。主要結(jié)果如下： 1、對我國80份野生和栽培大豆材料的25個cpDNA片段和6個mtDNA片段的DNA序列進行了分析。cpDNA測序總長 14 550 bp，共發(fā)現(xiàn)39個多樣性位點：包括34個單堿基替換、3個單堿基插入缺失

2、和2個多堿基插入缺失。在野生和栽培大豆中分別發(fā)現(xiàn)了37和14個多樣性位點，SNPs頻率(θ值)分別為 0.00057 和 0.00021，栽培大豆僅保留了野生大豆 36.8％的核苷酸多樣性。mtDNA 測序總長3 532 bp，僅在野生大豆群體內(nèi)發(fā)現(xiàn)了1個SNPs，核苷酸多樣性θ值為0.00007。結(jié)果表明野生大豆擁有非常豐富的遺傳多樣性；對野生和栽培大豆cpDNA的SNPs次等位基因頻率分布研究發(fā)現(xiàn)，野生大豆中存在大量的稀有SNPs,

3、cpDNA的34個單堿基替換中，有32個為顛換，其余2個為轉(zhuǎn)換，轉(zhuǎn)換與顛換的比值為1:16，表明大豆cpDNA中存在著嚴重的“顛換偏差”。 2、cpDNA39個多樣性位點組成28種單倍型，野生大豆和栽培大豆單倍型分別有23種和8種。野生大豆群體特有單倍型20種，栽培大豆群體特有單倍型5種。與群體多樣性位點所反應(yīng)的情況一樣，野生大豆擁有非常豐富的遺傳多樣性。從平均和整體多樣性水平看，野生大豆與栽培大豆群體內(nèi)的單倍型多樣性(H)分別

4、為0.257與0.157和0.195與0.119，野生大豆單倍型多樣性極顯著地高于栽培大豆(P=0.001)。表明，從野生大豆向栽培大豆進化的過程中，單倍型多樣性明顯減少。對野生大豆和栽培大豆cpDNA的連鎖不平衡強度進行分析，野生大豆和栽培大豆cpDNA的LD強度(r<'2>)分別為0.1754和0.4219。與野生大豆相比，栽培大豆的連鎖不平衡強度較強，為野生大豆的2.41倍。對28種單倍型構(gòu)建了cpDNA單倍型網(wǎng)絡(luò)結(jié)構(gòu)圖，通過比較