候選SNPs與肺癌的關(guān)聯(lián)分析及作用機(jī)制的研究.pdf

1、目的：肺癌發(fā)病率在我國已居男性各種腫瘤的首位，然而其發(fā)病機(jī)制尚不完全明確。目前已經(jīng)發(fā)現(xiàn)多個基因與肺癌有密切的關(guān)系如：ras、myc、p53等。最近幾年，全基因組關(guān)聯(lián)分析(GWAS)發(fā)現(xiàn)許多新的單核苷酸多態(tài)性（SNPs）與肺癌密切相關(guān)，部分SNPs位于基因的內(nèi)含子或基因間區(qū)域，其作用機(jī)制尚不明確。因此，選取了6個新發(fā)現(xiàn)的與肺癌相關(guān)的SNPs進(jìn)行關(guān)聯(lián)分析，篩選出與肺癌相關(guān)聯(lián)的SNP位點，進(jìn)而對與肺癌有關(guān)聯(lián)的SNPs作用機(jī)制進(jìn)行了探討，為更進(jìn)

2、一步了解肺癌的發(fā)生發(fā)展提供理論基礎(chǔ)，尋找分子治療靶點提供理論依據(jù)。
　　方法：本實驗分為兩部分進(jìn)行，第一部分主要研究候選SNPs與肺癌的關(guān)聯(lián)分析，篩選出與肺癌相關(guān)聯(lián)的SNP位點，第二部分則主要研究該SNP位點的作用機(jī)制。第一部分實驗，通過病例-對照研究，采用SNaPshot分型技術(shù)，在391例病例組和342例對照組人群中，對候選的6個SNPs進(jìn)行了分型，然后通過統(tǒng)計學(xué)分析發(fā)現(xiàn)與肺癌相關(guān)SNP位點的易感基因。第二部分實驗中過表達(dá)了S

3、NAI1，然后采用Luciferase實驗對rs2853677位點所在區(qū)域的序列對TERT基因的調(diào)控功能進(jìn)行了分析。利用電泳遷移率實驗（EMSA）、染色體免疫沉淀（ChIP）實驗證明了SNP位點所在區(qū)域與蛋白質(zhì)的相互作用進(jìn)行了檢測。最后通過染色體構(gòu)像捕獲（3C）技術(shù)對rs2853677位點所在區(qū)域與TERT基因轉(zhuǎn)錄起始位點附近區(qū)域的空間構(gòu)象進(jìn)行了分析。
　　結(jié)果：第一部分實驗，通過對6個SNPs位點rs753955、rs28536

4、77、rs2736100、rs4488809、rs2741354、rs12296850基因分型，對肺癌發(fā)病進(jìn)行關(guān)聯(lián)分析發(fā)現(xiàn)rs2853677位點、rs2736100位點和rs12296850位點與肺癌（腺癌）的發(fā)生有關(guān)聯(lián)，rs2853677位點上突變的等位基因C和rs2736100位點上突變的等位基因G增加罹患腺癌的風(fēng)險，而rs12296850位點上突變的等位基因G降低罹患腺癌的風(fēng)險。上述3個SNPs位點在中國人群中得到證實，其可在中國

5、人群中用于預(yù)防腫瘤發(fā)生檢測的標(biāo)志位點。第二部分實驗，選取了rs2853677位點進(jìn)行進(jìn)一步分析。Lucifer報告基因表明rs2853677位點上下游1kb區(qū)域具有增強(qiáng)TERT啟動子活性的功能，且其增強(qiáng)TERT啟動子活性的功能受rs2853677位點多態(tài)性影響。EMSA實驗發(fā)現(xiàn)當(dāng)rs2853677位點為等位基因T時，SNAI1可與該位點附近序列結(jié)合，而該位點為等位基因C時則不結(jié)合；ChIP實驗則證明在T/T純合的H446細(xì)胞系中 SNA

6、I1可與 rs2853677位點結(jié)合而 C/C純合的 H209細(xì)胞系中SNAI1則不與rs2853677位點結(jié)合，SNAI1與該位點的結(jié)合則可以抑制增強(qiáng)子的活性，從而降低 TERT基因的表達(dá)水平。染色質(zhì)構(gòu)象捕獲（3C）技術(shù)確認(rèn)了rs2853677位點與TERT基因啟動子區(qū)存在空間上的相互靠近，更進(jìn)一步驗證了該區(qū)域存在TERT基因增強(qiáng)子。
　　結(jié)論：通過本研究發(fā)現(xiàn)在中國人群中rs2853677位點與肺癌（腺癌）發(fā)生相關(guān)，該位點上突變