基于最優(yōu)搜索的基因可變剪接的預測.pdf

1、可變剪接是由于基因轉(zhuǎn)錄產(chǎn)生的mRNA前體中的外顯子在分離和重新連接時，進行的可變的重新組合的過程。這些不同的線性組合在翻譯過程中會導致不同的蛋白質(zhì)產(chǎn)物被合成。這種可變剪接在蛋白質(zhì)的多樣性和多種生命調(diào)節(jié)過程中有著重要的意義。因此，可變剪接在基因的調(diào)控和蛋白質(zhì)的合成的研究中，有非常重要的地位。在分析和比較了傳統(tǒng)的搜索可變剪接模式的算法和軟件的優(yōu)缺點的基礎(chǔ)上，本文提出了一種新的搜索可變剪接模式的方案。這個方案所采用的算法是基于以下假設(shè)：cDN

2、A序列與對應基因的最佳聯(lián)配等同于cDNA與mRNA的最佳聯(lián)配。利用這個算法，我們建立了基于最優(yōu)搜索的基因可變剪接預測平臺，并以此最優(yōu)預測搜索平臺為引擎構(gòu)建一個水稻的可變基因剪接數(shù)據(jù)庫，并將最終結(jié)果在網(wǎng)頁上功能化顯示。本文的具體工作如下：
　　1.系統(tǒng)介紹了可變剪接的理論基礎(chǔ)和意義，并對現(xiàn)有的可變剪接模式的搜索方式以及所采用的策略進行系統(tǒng)的總結(jié)。
　　2.設(shè)計和開發(fā)了各種外圍功能模塊，包括數(shù)據(jù)獲取、數(shù)據(jù)驗證、數(shù)據(jù)預處理、數(shù)據(jù)庫

3、通信。
　　3.設(shè)計并開發(fā)了基于BLAST的可變剪接搜索模塊ASD（Alternative Splicing Detective）和相關(guān)的Parser模塊，作為整個系統(tǒng)的核心部分。
　　4.建立了水稻可變剪接數(shù)據(jù)庫，作為系統(tǒng)的另一個重要組成部分。
　　6.設(shè)計和實現(xiàn)了網(wǎng)頁可視化的后臺操作和管理模塊。
　　通過這些工作，我們可以用這個可變剪接平臺預測搜索水稻的可變剪接模式，可以用于相關(guān)的分子生物學實驗，以指導實驗的