普通野生稻單核苷酸多樣性研究.pdf

1、普通野生稻(OryzarufipogonGriff.)作為一種非常有價值的野生種質(zhì)資源，受到科研工作者廣泛地關(guān)注。 本文在水稻基因組12條染色體的兩臂上各隨機選擇一個基因位點，共24個位點，在22個普通野生稻(OryzarufipogonGriff.)材料中均測定并獲得清晰的DNA序列18989bp。共發(fā)現(xiàn)了152個SNPs位點，其中轉(zhuǎn)換92個(占60.5％)，顛換60個(39.5％)。 普通野生稻的SNPs分布頻率為θ

2、：1.84×10-3，π：1.52×10-3?；蚓幋a區(qū)的SNPs頻率θ：1.552×10-3，π：1.66×10-3與基因內(nèi)非編碼區(qū)θ：1.38×10-3，π：1.03×10-3相近，而遠遠低于基因之間非編碼區(qū)SNPs頻率θ：2.54×10-3，π：2.35×10-3。 在普通野生稻中分布最多的是稀有SNPs(頻率＜10％)，占其總SNPs的59.21％，隨著SNPs次等位基因頻率增加，SNPs數(shù)量呈明顯下降趨勢。 普

3、通野生稻的24個基因位點上152個SNPs，共組成172種單倍型，單倍型多樣性為0.5944。按普通野生稻不同地理來源分析單倍型多樣性得出：海南普通野生稻的遺傳多樣性高于兩廣地區(qū)，廣東與廣西普通野生稻的遺傳多樣性接近。 從UPMGA聚類中可以看到：海南大多材料聚為一類、江西東鄉(xiāng)單獨聚為一類，廣東廣西趨向聚在一起。與前人的研究結(jié)果一致，即普通野生稻的分化與其地理分布有關(guān)。 本文還簡單討論了普通野生稻與地方栽培稻之間相同基因