水稻非生物逆境差異表達基因分析及共表達網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建.pdf

1、水稻是世界上最重要的作物之一，同時也是一種單子葉模式植物。在生長發(fā)育的過程中，水稻會遭到許多非生物逆境的脅迫，這給水稻產(chǎn)量造成了重大損失。因此，培育出具有抗逆性的水稻新品種具有十分重要的意義?，F(xiàn)有的研究雖然已經(jīng)報道了許多逆境相關(guān)基因，但這距離人們?nèi)媪私馑镜目鼓鏅C制還有很長的一段距離。
　　為了更進一步地了解水稻的抗逆機制，本研究從公共數(shù)據(jù)庫和本實驗室中共搜集得到了491張與水稻非生物逆境相關(guān)的基因芯片。計算得到了各個非生物逆境

2、下的差異表達基因之后，我們對這些差異表達基因行了GO富集分析以及啟動子區(qū)順式作用元件分析。最后，我們構(gòu)建了各個非生物逆境下的基因共表達網(wǎng)絡(luò)。研究的主要結(jié)果如下:
　　1.計算得到了各個非生物逆境下的的差異表達基因。其中干旱脅迫下的差異表達基因有2506個，低溫脅迫下的差異表達基因有2936個，高溫脅迫下的差異表達基因有2259個，鹽脅迫下的差異表達基因有2463個，且有174個基因在四種非生物逆境下都差異表達。
　　2.提取

3、各個逆境下的差異表達基因轉(zhuǎn)錄起始位點上游1.5kb的序列作為啟動子區(qū)，對這些啟動子區(qū)進行順式作用元件分析。在干旱脅迫條件下，我們鑒定到了26個順式作用元件，其中有20個順式作用元件與數(shù)據(jù)庫中已知的順式作用元件具有較高的相似性，其余6個則是功能未知的。在低溫脅迫條件下，我們鑒定到了16個順式作用元件，其中有12個順式作用元件與數(shù)據(jù)庫中已知的順式作用元件具有較高的相似性，其余4個則是功能未知的。在高溫脅迫條件下，我們鑒定到了17個順式作用元

4、件，其中有13個順式作用元件與數(shù)據(jù)庫中已知的順式作用元件具有較高的相似性，其余4個則是功能未知的。在鹽脅迫條件下，我們鑒定到了24個順式作用元件，其中有18個順式作用元件與數(shù)據(jù)庫中已知的順式作用元件具有較高的相似度，其余6個則是功能未知的。
　　3.計算得到基因的表達量之后，我們構(gòu)建了各個非生物逆境下的的基因共表達網(wǎng)絡(luò)，并鑒定到了相應(yīng)的基因模塊。通過對基因顯著性以及模塊關(guān)系進行篩選，我們得到了與各個非生物逆境相關(guān)的候選基因。在干旱