加權(quán)基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)分析(WGCNA)探索肺腺癌中的功能基因模塊.pdf

1、目的：肺腺癌(Lung adenocarcinoma，LUAD)是最為多發(fā)的腫瘤之一，其發(fā)病率及死亡率在中國(guó)及全世界均居前列。研究肺腺癌的分子機(jī)制對(duì)于早期診治及預(yù)后改善具有重要意義。本研究意在使用網(wǎng)絡(luò)分析的方法分析肺腺癌基因表達(dá)譜，以期獲得與臨床特性及生存時(shí)長(zhǎng)有顯著關(guān)系的基因模塊，并對(duì)模塊基因進(jìn)行進(jìn)一步挖掘。
　　方法：本研究使用加權(quán)基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)分析(Weighted gene co-expression network ana

2、lysis，WGCNA)的方法，對(duì)56例LUAD腫瘤樣本的3513個(gè)基因的表達(dá)譜構(gòu)建網(wǎng)絡(luò)（網(wǎng)絡(luò)A）進(jìn)行分析，構(gòu)建基因模塊并驗(yàn)證其與腫瘤TNM分期，病理分級(jí)以及生存數(shù)據(jù)的相關(guān)性;對(duì)56例LUAD腫瘤樣本及相應(yīng)的正常組織樣本，構(gòu)建聯(lián)合加權(quán)基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)（網(wǎng)絡(luò)B）并分析其3513個(gè)基因的表達(dá)譜，構(gòu)建基因模塊并驗(yàn)證其與樣本種類(lèi)的相關(guān)性;將網(wǎng)絡(luò)A及網(wǎng)絡(luò)B聯(lián)合，分析其基因模塊重合度，并對(duì)重合度高的兩對(duì)基因模塊內(nèi)的基因進(jìn)行GeneOntology及K

3、EGG通路分析。
　　結(jié)果：WGCNA算法在網(wǎng)絡(luò)A中劃分出12個(gè)基因模塊，其中1個(gè)與患者腫瘤M分期呈中等強(qiáng)度顯著相關(guān)（R2＞0.4，p＜0.001）;經(jīng)Cox回歸生存分析發(fā)現(xiàn)，其中4個(gè)與患者發(fā)生死亡事件的風(fēng)險(xiǎn)顯著相關(guān)(p＜0.05)。在網(wǎng)絡(luò)B中劃分出13個(gè)基因模塊，其中9個(gè)均與樣本種類(lèi)呈強(qiáng)相關(guān)（R2＞0.8，p＜0.001）。對(duì)高重合度的兩對(duì)基因模塊，其Gene Ontology及KEGG通路分析均顯示有若干生物過(guò)程、分子功能及細(xì)