病原菌毒力因子數(shù)據(jù)分析平臺的設計與構建.pdf

1、傳染病是公共衛(wèi)生安全的嚴重威脅之一，尤其是近年來新發(fā)再發(fā)傳染病不斷出現(xiàn)。盡管病毒性傳染病危害嚴重，細菌性傳染病依舊是不可忽視的問題。病原細菌的致病性是由它的毒力因子決定的，研究毒力因子不僅是闡明病原菌致病機制的關鍵，也是相關傳染病防控和干預的重點之一。本實驗室于2004年自主構建了國際上首個綜合性病原菌毒力因子數(shù)據(jù)庫(VFDB)。最初發(fā)布的數(shù)據(jù)庫收集了24個屬100多種重要醫(yī)學病原菌的毒力因子的組成、結(jié)構、功能、致病機理、毒力島、基因組

2、信息等內(nèi)容。隨后分別于2008年與2012年先后兩次更新擴充，進一步引入了比較基因組學數(shù)據(jù)集，以及不同病原菌同類毒力因子之間的遺傳多樣性和分子進化關系等重要信息。
　　盡管三次發(fā)布的VFDB數(shù)據(jù)相互關聯(lián)，但是它們的數(shù)據(jù)集和用戶訪問界面都是相對獨立的。數(shù)據(jù)的冗余不利于后續(xù)進一步的數(shù)據(jù)挖掘，界面的不統(tǒng)一也會給用戶的訪問帶來不便。因此，本研究從三個方面對VFDB進行了改進。首先，改進了底層的數(shù)據(jù)結(jié)構，去除了冗余數(shù)據(jù)，整理生成由已知毒力因

3、子構成的核心數(shù)據(jù)集和包括所有潛在毒力因子的完整數(shù)據(jù)集。其次，對核心數(shù)據(jù)集中的所有毒力相關基因的注釋信息進行了審核與精煉，提高了VFDB數(shù)據(jù)庫的數(shù)據(jù)質(zhì)量。最后，使用集成的Java Script框架ExtJS4.1創(chuàng)建了一個整合的、界面統(tǒng)一的病原菌毒力因子數(shù)據(jù)分析平臺，提供多種在線數(shù)據(jù)統(tǒng)計分析功能，既減輕了服務器端的壓力，又提升了用戶體驗。
　　本研究工作不僅對VFDB的基礎數(shù)據(jù)進行了整合與優(yōu)化，去除了冗余，而且對核心數(shù)據(jù)集中的所有毒