長江圓口銅魚遺傳結構的分析.pdf

1、圓口銅魚(Coreius guichenoti Sauvage et Dabry)主要分布在長江上游,是長江上游地區(qū)主要的經(jīng)濟魚類之一。近年來,由于水工建設、環(huán)境污染、過度捕撈等因素影響,圓口銅魚資源量呈下降趨勢,而且,正在修建的三峽大壩將會對這一物種產(chǎn)生更大的影響。目前,對圓口銅魚遺傳結構、種質(zhì)資源狀況知之甚少。本研究首次利用9個自行開發(fā)的多態(tài)性微衛(wèi)星標記以及線粒體DNA控制區(qū)(mtDNAD-loop)序列的多態(tài)性分析了長江流域宜賓江

2、段、巴南江段、涪陵江段和忠縣江段四個圓口銅魚群體的遺傳結構。主要研究結果如下:
　　 通過磁珠富集的方法分離圓口銅魚的微衛(wèi)星DNA。挑取54個陽性克隆經(jīng)測序,有39(72.22％)個含有微衛(wèi)星序列,完美型共有22個,占56.41％；非完美型共有7,占17.95％;復合型有10個,占25.64％。設計了39對微衛(wèi)星引物,經(jīng)PCR篩選,發(fā)現(xiàn)有23對能夠穩(wěn)定清晰地擴增出目的DNA帶,但只有9對引物在圓口銅魚中出現(xiàn)多態(tài)。
　　

3、用9個多態(tài)性微衛(wèi)星標記對四個圓口銅魚群體進行PCR擴增,共檢測到48個等位基因,平均每個座位的等位基因數(shù)為5.3個；宜賓、巴南、涪陵及忠縣的圓口銅魚群體的平均期望雜合度(He)分別為0.728、0.598、0.629和0.673；平均觀測雜合度(Ho)分別為0.753、0.649、0.631和0.651.；平均多態(tài)信息含量(PIC)為0.670、0.538、0.568和0.610。4個群體內(nèi)平均有效等位基因數(shù)在1.3626～6.9264

4、之間；Hard-wenberg平衡檢測結果顯示只有宜賓群體的平均P值小于0.05,偏離Hardy-wenberg平衡,而且4個群體在9個位點上,大多都偏離Hardy-Wenberg平衡(P<0.05)；4個群體的Nei氏遺傳距離及遺傳相似性系數(shù)的結果是,忠縣和涪陵遺傳距離最近(0.1449),遺傳相似性系數(shù)最大(0.8651),宜賓和巴南遺傳距離最遠(0.2900)遺傳相似性系數(shù)為0.7483。分子變異分析(AMOVA)結果顯示,87.

5、84％的遺傳變異來自群體內(nèi)部,12.16％的遺傳異來自群體之間,固定指數(shù)Fixation Index(FST)結果為0.12158,這說明圓口銅魚群體遺傳結構存在一定的遺傳差異。
　　 采用PCR技術對上述4個圓口銅魚群體的線粒體DNA(mtDNA)D-loop進行擴增并測序,研究圓口銅魚D-loop序列多態(tài)性。測定了132尾圓口銅魚mtDNAD-loop923bp的DNA序列,共檢出18個多態(tài)位點,28種單倍型,T、C、A、G

6、四種堿基的平均含量分別為30.8％、21.5％、34.0％、13.7％,且A+T的含量(64.8％)明顯高于G+C的含量(35.2％)?；蛲蛔円赞D(zhuǎn)換為主,有兩處插入或缺失。平均單倍型多樣性指數(shù)(h)和核苷酸多樣性指數(shù)(p)分別為0.902±0.014和0.00424±0.00017,四個群體之間的遺傳距離在0.00529-0.00656之間,28種單倍型的UPGMA分子系統(tǒng)樹分支不明顯:用AMOVA分析方法檢測群體間及群體內(nèi)部的遺傳變