鯽魚PKR-like Zα結(jié)構(gòu)域與核酸的親和性及趨化因子等蛋白質(zhì)的適應(yīng)性進化.pdf

1、鯽魚PKR-like(CaPKR-like)N-端由2個Z-DNA結(jié)合域(Zαl和Zα2)組成，屬于一個Z-DNA結(jié)合蛋白家族。為理解Zα結(jié)構(gòu)域的功能，本文原核表達并純化Zα野生型(P<,Zα1>、P<,Zα2>、P<,Zα>)以及突變型(P<,Zα><'38N>、p<,Zα><'60W>)蛋白。凝膠阻滯試驗分析Zα蛋白與pMD18-T質(zhì)粒、重組d(GC)<,13>質(zhì)粒以及Poly I:C的親和性，結(jié)果顯示：P<,Zα>與d(GC)<,

2、13>重組質(zhì)粒和Poly I:C有明顯的結(jié)合，而P<,Zα1>、P<,Zα2>則不與它們結(jié)合；但即使是P<,Zα>，也對不含有d(GC)13序列的pMD18-T質(zhì)粒沒有結(jié)合能力，說明P<,Zα>結(jié)合d(GC)13重組質(zhì)?？赡苁墙Y(jié)合質(zhì)粒上的d(GC)13片段。溴化乙錠能解旋質(zhì)粒的負超螺旋，這降低了P<,Zα>與質(zhì)粒DNA分子的結(jié)合活性。點突變試驗證實38N和60W兩個氨基酸殘基可能在P<,Zα>結(jié)合核酸分子的過程中起重要作用。 密

3、碼子替換模型是檢測基因序列單個密碼子位點選擇作用的統(tǒng)計學(xué)方法，能夠有效地檢測基因在進化歷程中是否受到選擇作用，并且可以預(yù)測出那些在進化過程中對功能分化有重要貢獻的、受正選擇作用的密碼子位點。為更好地理解Zα的功能，利用該模型分析了Zα同源序列的適應(yīng)性進化。結(jié)果：在Zα中沒有檢測到正選擇作用，說明Zα同源序列有很強的進化保守性。分析干擾素家族分子適應(yīng)性的結(jié)果顯示，干擾素基因α和γ都受到正選擇作用。 轉(zhuǎn)鐵蛋白是一個能和鐵離子結(jié)合的蛋

4、白質(zhì)家族，從血清中向細胞內(nèi)運輸鐵離子，或在生物體液中幫助調(diào)節(jié)鐵離子水平。分子適應(yīng)性進化分析表明，較保守的轉(zhuǎn)鐵蛋白受到正選擇作用。正選擇位點大多集中在轉(zhuǎn)鐵蛋白的C-臂，且二級結(jié)構(gòu)大多是無規(guī)則區(qū)域，即非α螺旋也非β折疊。這些正選擇位點可能與調(diào)節(jié)轉(zhuǎn)鐵蛋白N-臂和C-臂結(jié)合鐵離子有關(guān)。 趨化因子是一類控制免疫細胞定向遷移的細胞因子，其功能行使由趨化因子受體介導(dǎo)。發(fā)現(xiàn)只有少數(shù)種類基因受到正選擇作用，如RANTES、CCR5等，并預(yù)測出一些