基于遺傳模板的電子密度圖解釋方法的研究.pdf

1、在高通量的蛋白質(zhì)晶體學(xué)中，一個(gè)重要的問題是通過電子密度圖構(gòu)建蛋白質(zhì)模型。這是一個(gè)把一個(gè)完整蛋白質(zhì)分子模型匹配成一個(gè)晶體蛋白質(zhì)的3D圖像的過程。在劣質(zhì)的電子密度圖中，這種解釋會(huì)需要檢晶器大量的工作時(shí)間。
　　本文的研究工作主要是提出一種在劣質(zhì)密度圖中解析性能比較理想的方法，即程序執(zhí)行時(shí)間相對(duì)較短，解析結(jié)果的精度較高。通過分析現(xiàn)有的方法可知，經(jīng)典的ACMI算法是性能比較好的一種方法，但是該方法中以小的模版片段為單位搜索必然會(huì)產(chǎn)生很多難

2、以避免的重復(fù)計(jì)算，產(chǎn)生大量次數(shù)的搜索，從而導(dǎo)致算法的時(shí)間復(fù)雜度較高。
　　在本文中，我們通過分析蛋白質(zhì)的結(jié)構(gòu)保有性提出一種基于ACMI算法新的改進(jìn)。根據(jù)待測的蛋白質(zhì)氨基酸序列，利用蛋白質(zhì)的結(jié)構(gòu)保有性知識(shí)，通過序列比對(duì)的方法，在蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫(PDB)中搜索該序列可能對(duì)應(yīng)的模版，然后，利用球函數(shù)和快速模版匹配的方法，將對(duì)應(yīng)模版的空間結(jié)構(gòu)定位于電子密度圖中最佳的匹配位置。這種定位較大的模版的策略和以5個(gè)殘基為單位的搜索定位相比必然會(huì)節(jié)省