HIV--1病毒中NCp7鋅指區(qū)域與配體相互作用的理論研究.pdf

1、分類號：密級：學(xué)校代碼：學(xué)號：逢掌師花大學(xué)碩士學(xué)位論文10165201111024HIV1病毒中NCp7鋅指區(qū)域與配體相互作用的理論研究作者姓名：學(xué)科、專業(yè)：研究方向：導(dǎo)師姓名：馬雪物理化學(xué)理論與計(jì)算化學(xué)趙東霞教授2014年i月遼寧師范大學(xué)碩士學(xué)位論文摘要采用量子化學(xué)方法和ABE蹦仍癘法對選取的鋅指蛋白和配體進(jìn)行理論研究。1本文采用B3LYP／63llG(d，P)方法，優(yōu)化4個鋅指蛋白分子和31個配體分子的幾何構(gòu)型，使用HF／STO一3

2、G計(jì)算優(yōu)化后體系的Mulliken電荷分布。使用線性回歸和最d乘法，擬合確定了ABEEMff穆數(shù)(包括參考電荷，價態(tài)電負(fù)性和價念硬度)。使用ABEEM諺數(shù)，計(jì)算獲得了4個鋅指蛋白(Fingerl，F(xiàn)ingerl—l，F(xiàn)inger2，F(xiàn)inger2—2)和l1個配體的電荷分布。ABEEM砌法所計(jì)算的電荷分稚與從頭計(jì)算方法的線性相關(guān)方程斜率k接近10000，截距b接近于00000，線性相關(guān)系數(shù)廳在09434以上。由此可見，ABEEM仍z方法

3、與從頭計(jì)算方法相比有很好的一致性。驗(yàn)證了我們所擬合的ABEEM徹參數(shù)是合理的和可轉(zhuǎn)移的，可應(yīng)用于類似體系的電荷分布的計(jì)算。2使用ABEEM徹I方法計(jì)算了4個鋅指蛋白分子和31個配體分子偶極矩，該方法所計(jì)算的偶極矩與密度泛函B3LYP／6—31lG(d，p)的結(jié)果相關(guān)性較好，表明我們所擬合的ABEEM徹參數(shù)(價態(tài)電負(fù)性和價態(tài)硬度)是合理的。3利用廣義Fukui函數(shù)預(yù)測4個鋅指蛋白的反應(yīng)活性位點(diǎn)，得到4個鋅指蛋白上廣義Fukui函數(shù)值最大的

4、位點(diǎn)分別是半胱氨酸中S，SⅢ，S69，S鈀。分別計(jì)算鋅指蛋白的半胱氨酸中S原子與配體相互作用的原子和孤對電子間的廣義軟度差的平方和厶“。利用局域硬軟酸堿原理中的軟度匹配規(guī)則，推測出配體與鋅指蛋白相互作用的強(qiáng)弱。4本文還以擬合好的ABEEM諺數(shù)，計(jì)算了33個鋅指蛋白的電荷分布。ABEEM徹方法所計(jì)算的電荷分布與從頭計(jì)算的有很好的一致性，表明我們所擬合的參數(shù)具有很好轉(zhuǎn)移性。關(guān)鍵詞：原子一鍵電負(fù)性均衡方法；電荷分布；廣義局域軟度；廣義Fuku