功能性消化不良患者與健康人群胃內(nèi)細菌基因組的分析研究.pdf

1、目的:探討功能性消化不良患者(FD)與健康人群(HC)胃內(nèi)細菌的基因組情況,分析和比較兩組人群之間胃粘膜相關(guān)菌群結(jié)構(gòu)是否存在差異。為FD的發(fā)病機制找出可能的微生物影響因素。
　　方法:依據(jù)羅馬III功能性消化不良標準納入FD病人(n=30例),對照納入健康人(n=30例),以上納入人群在內(nèi)鏡下胃粘膜均為正常表現(xiàn),且C13呼氣試驗、快速尿素酶、病理均證實無幽門螺桿菌(Hp)感染,內(nèi)鏡下活檢獲取正常胃粘膜標本2塊(胃竇、胃體各1塊),

2、置于-80℃冰箱保存。采用QIAamp DNA分離試劑盒聯(lián)合珠打法提取粘膜細菌總DNA,擴增目標16S rDNA片段,混樣、純化、建庫后完成上機準備。Miseq測序儀(Illumina)對V4區(qū)域文庫進行測序,原始序列經(jīng)去除引物、標簽后,FLASH數(shù)據(jù)包拼接小讀長片段,QIIME軟件包過濾低質(zhì)序列,分配各序列至運算分類單位(OTUs)。應(yīng)用RDP軟件將每個OTUs最長片段與數(shù)據(jù)庫進行比對搜索,構(gòu)建物種注釋信息。評估樣品α多樣性指數(shù)(ra

3、refraction、chao1、shannon)并繪制相應(yīng)曲線,比較不同樣本物種豐度和取樣合理性。評估樣品β多樣性指數(shù),依據(jù)加權(quán)和非加權(quán)unifrac距離進行主坐標分析(PcoA)和算術(shù)平均組對聚類分析(UPGMA),檢測不同組間在物種構(gòu)成多樣性上的差異。
　　結(jié)果:FD組和HC組經(jīng)質(zhì)控后平均每個樣品序列數(shù)為28262條和30261條。分配到種水平上的平均OTUs在兩組中分別為271±72、293±88;chao1為290±89

4、、319±108;shannon為4.57±1.19、5.03±1.29,以上兩組指數(shù)間比較均無統(tǒng)計學差異(p>0.05)。在門水平上,FD組在門水平共有17類豐度大于0.01％門類,前五位依次為Proteobacteria,Bacteroidetes,Firmicutes,Actinobacteria, Crenarchaeota,前三名在所有樣品中均存在,而HC共有17類豐度大于0.01%優(yōu)勢門類,前二名在所有樣品中均存在。與HC組

5、比較,FD組proteobacteria、Fusobacteria相對豐度升高,而Nitrospirae下降。在屬水平上,FD組豐度大于1%的優(yōu)勢屬為Acinetobacter,Corynebacterium, Streptococcus, Prevotella, Neisseria。HC組則為Acinetobacter, Corynebacterium, Bacteroides,Helicobacter,Rubrobacter,Str

6、eptococcus,Candidatus Nitrososphaera。在兩組豐度高于0.1%的58個屬中,FD組有5個屬較HC組相對豐度增加,3個屬相應(yīng)豐度下降。基于PCA和UPGMA聚類的Beta多樣性分析可知,FD和HC兩組間同一解剖部位菌群有部分聚類,但均存在明顯交疊現(xiàn)象。而對同一組人群的兩個解剖部位菌群分析可知,部分人的胃體和胃竇樣品存在聚類現(xiàn)象或交疊現(xiàn)象。
　　結(jié)論:
　　1、功能性消化不良和健康人群胃粘膜菌群