家豬和野豬大腦組織的比較轉(zhuǎn)錄組研究.pdf

1、脊椎動(dòng)物中樞神經(jīng)系統(tǒng)的高級部位是大腦，它是生命機(jī)能的主要調(diào)節(jié)器。本研究以榮昌豬(RC)和野豬(WB)的大腦為研究對象，通過RNA-seq測序技術(shù)檢測了RC和WB大腦的mRNA表達(dá)譜，鑒定新的mRNA轉(zhuǎn)錄本、可變剪切、SNVs和INDELs;通過差異分析篩出在RC和WB的大腦組織中差異表達(dá)的基因，分析了關(guān)鍵基因與功能差異的關(guān)系。為RC和WB的相關(guān)研究提供新的參考數(shù)據(jù)，同時(shí)也為家養(yǎng)動(dòng)物起源與馴化的研究提供參考。
　　利用RNA-seq

2、測定2個(gè)組織的轉(zhuǎn)錄組，共獲得234M(million)、測序讀長為100bp的雙末端序列，產(chǎn)生大約23.38Gb(gigabases)的數(shù)據(jù)，共鑒定出116，466個(gè)轉(zhuǎn)錄本，其中RC中有57，797個(gè)、WB中有58，669個(gè)，并在RC和WB中分別發(fā)現(xiàn)了7，968和8，062個(gè)新轉(zhuǎn)錄本;分析2個(gè)轉(zhuǎn)錄文庫的序列變異共發(fā)現(xiàn)37，899個(gè)可變剪切、1，113，972個(gè)SNVs和91，379個(gè)插入/缺失(INDELs)變異。
　　差異基因分

3、析篩選出490個(gè)在RC和WB中差異表達(dá)的基因;通過GO和Pathway分析，將這些差異基因富集到55個(gè)功能項(xiàng)，其中與藥物代謝、細(xì)胞間信號傳導(dǎo)和激素代謝等功能項(xiàng)與RC和WB的生理特征相關(guān)。其中有約50％的富集通路與免疫相關(guān)，其中與藥物代謝(Drug metabolism，p=2.44E-05)相關(guān)的基因均在RC中有較高的表達(dá)量。關(guān)鍵基因AOX1、IL1B以及LAG3的表達(dá)差異反應(yīng)了RC與WB的免疫特征;與神經(jīng)傳導(dǎo)相關(guān)的關(guān)鍵基因GALR2和

4、MPZ在WB中的高表達(dá)分別使得WB具有更強(qiáng)的抗壓抗應(yīng)激能力以及更快更敏銳的反應(yīng)速度;與糖類代謝相關(guān)的關(guān)鍵基因SI反應(yīng)了WB采食的日糧多為高淀粉低脂的事實(shí);孕激素依賴的CYP26A1與繁殖性能息息相關(guān)，CYP26A1基因在RC中的表達(dá)量較WB高，這與RC的高繁殖性能相吻合。
　　通過Q-PCR驗(yàn)證RNA-seq結(jié)果，兩者之間有很好的相關(guān)性(Person's r=0.86，p＜10-3)。說明RNA-seq結(jié)果準(zhǔn)確可靠。
　　通