兩種植物病毒dsRNA序列分析.pdf

1、單引物擴增技術(shù)(SinglePrimerAmplificationTechnique，SPTA)是以dsRNA為模板，獲得基因組全序列克隆的方法，這種技術(shù)在雙鏈形式的病毒基因組序列研究中得到廣泛應(yīng)用。由于dsRNA病毒基因組核酸結(jié)構(gòu)的特殊性，其基因組的研究仍然是一個難題。特別在對病毒的基因組一無所知的情況下，常規(guī)方法的應(yīng)用受到了限制。1992年Lambden等提出并應(yīng)用單引物擴增技術(shù)成功地擴增了人類輪狀病毒基因組中較大的基因片段，在克隆

2、dsRNA病毒基因組技術(shù)方面取得了突破。在此基礎(chǔ)之上，Attoui等人將這一技術(shù)不斷地改進和完善，在動物病毒基因組序列的研究中取得了成功。目前SPAT技術(shù)已經(jīng)成熟，成為克隆dsRNA病毒基因組已知或未知基因片段的主要方法之一。盡管這一技術(shù)在動物dsRNA病毒的研究中應(yīng)用較多并取得了成功，但是在植物dsRNA病毒基因組研究方面應(yīng)用較少。 本文介紹了SPAT技術(shù)在兩種植物dsRNA病毒研究中的應(yīng)用。2007年4月，我們在杭州郊區(qū)田間

3、采樣的過程中采集到帶有明顯病毒侵染癥狀的蘿卜病株。感病的蘿卜植株矮縮嚴重并且表現(xiàn)明顯的花葉和黃邊癥狀，這與幾種常見的單鏈RNA病毒侵染蘿卜后引起的癥狀不同。我們利用改進后的SPAT技術(shù)，以感病蘿卜葉片組織為材料，克隆了一種雙鏈RNA病毒基因組片段的全長cDNA。序列分析結(jié)果和dsRNA分析結(jié)果證實，感病的蘿卜植株表現(xiàn)出的特別的癥狀是這種雙鏈RNA病毒與其他幾種病毒復(fù)合侵染引起。在此研究基礎(chǔ)上，我們對SPAT。技術(shù)的的實驗條件進一步優(yōu)化后

4、應(yīng)用于杭州地區(qū)玉米粗縮病病原鑒定中。由于國內(nèi)報道的兩種雙鏈RNA病毒水稻黑條矮縮病毒(Riceblackstreakeddwarfvirus，RBSDV)與玉米粗縮病毒(MaizeroughdwarfFijivirus，MRDV)都可以引發(fā)玉米產(chǎn)生類似的癥狀，并且兩種病毒在形態(tài)學(xué)、血清學(xué)、寄主、傳播介體以及基因組電泳圖譜方面存在諸多相同或相似的特征，一直以來研究人員對玉米粗縮病的致病病原存在著不同意見，有研究人員認為水稻黑條矮縮病毒是導(dǎo)

5、致這一癥狀發(fā)生的原因，而另外的一些研究人員則認為玉米粗縮病毒才是引起玉米粗縮病的病原。我們利用改進后的SPAT技術(shù)對杭州地區(qū)發(fā)生的玉米粗縮病病原進行研究，克隆得到了三條基因組片段全長cDNA，隨后的序列分析結(jié)果表明，在核苷酸水平和氨基酸水平上，三條片段都與水稻黑條矮縮病毒存在很高的同源性，而與玉米粗縮病毒的同源性較低。這一結(jié)果證實該地區(qū)發(fā)生的玉米粗縮病病原是水稻黑條矮縮病毒而并非玉米粗縮病毒。 本文利用改進后SPAT技術(shù)以杭州地