應(yīng)用微陣列研究重度主動脈瓣狹窄左室肥厚心肌的基因表達(dá)譜.pdf

1、目的：構(gòu)建重度主動脈瓣狹窄所致左室心肌肥厚的全基因組表達(dá)譜，篩選重度主動脈瓣狹窄所致左室心肌肥厚相關(guān)靶基因，并揭示它們在該綜合征發(fā)生發(fā)展過程中可能參與的致病機(jī)制。 方法：采用4張人類全基因組微陣列HG U133 Plus 2.0GeneChip，構(gòu)建重度主動脈瓣狹窄所致左室肥厚患者組(實驗組)與正常對照組的左室心肌基因表達(dá)譜。運用GeneSpring軟件篩選出兩組間差異表達(dá)顯著的基因或表達(dá)序列標(biāo)簽(ESTs)，作為重度主動脈瓣狹

2、窄左室肥厚的相關(guān)靶基因，然后采用實時定量逆轉(zhuǎn)錄多聚酶鏈反應(yīng)(Real-TimePCR)對其中2個靶基因進(jìn)行驗證。 結(jié)果：質(zhì)量控制顯示，微陣列實驗所使用的兩組左室心肌樣本純化后cRNA產(chǎn)物合格。4張全基因組微陣列經(jīng)雜交與掃描后，使用基因芯片操作軟件GCOS對其進(jìn)行數(shù)據(jù)分析，獲取基因表達(dá)譜的原始數(shù)據(jù)。將原始數(shù)據(jù)導(dǎo)入生物信息學(xué)分析軟件GeneSpring，校正后，我們在兩兩比較的基礎(chǔ)上進(jìn)行分析。在此過程中，我們確定P值<0.01并且差

3、異表達(dá)倍數(shù)(FC，F(xiàn)old Change)大于2，并且在四張微陣列間兩兩對比中，表達(dá)一致上調(diào)或下調(diào)的探針集所代表的基因或EST為我們研究的目標(biāo)差異表達(dá)基因或EST。這樣的探針集共有145個，代表著144個基因或EST。其中，50個基因在實驗組相對于對照組中表達(dá)明顯上調(diào)，30個個基因顯著下調(diào)，我們確定這80個基因為重度主動脈瓣狹窄左室肥厚心肌的靶基因。 應(yīng)用Real-Time PCR技術(shù)檢測COLlA1與JARID2這兩個靶基因在

4、實驗組與正常對照組樣本中的相對表達(dá)豐度。結(jié)果顯示，實驗組左室心肌內(nèi)，JARID2明顯下調(diào)至對照組的0.36倍，COL1A1基因則上調(diào)為3.39倍，這與基因微陣列實驗結(jié)果非常吻合。兩者的一致性說明微陣列檢測結(jié)果可靠。 結(jié)論：應(yīng)用全基因組微陣列進(jìn)行高通量并行性分析，本研究在國際上首次篩選出80個重度主動脈瓣狹窄左室肥厚心肌相關(guān)靶基因。其中，相對于正常對照，在重度主動脈瓣狹窄左室肥厚心肌患者的左室心肌內(nèi)表達(dá)上調(diào)的有COLlA1、NPP