胃腸道間質(zhì)瘤microRNA表達(dá)譜與相關(guān)因素分析.pdf

1、背景：
　　胃腸道間質(zhì)瘤（Gastrointestinal stromal tumors,GISTs）是最常見(jiàn)的胃腸道間葉源性腫瘤，可發(fā)生于消化道的各個(gè)部位，以胃部和小腸多見(jiàn)，有少數(shù)病例發(fā)生在消化道外的軟組織，稱(chēng)為胃腸外間質(zhì)瘤（extragastrointe stinalstromal tumors，EGISTs）。關(guān)于EGISTs的起源問(wèn)題，目前仍存在爭(zhēng)議，有觀(guān)點(diǎn)認(rèn)為EGISTs實(shí)質(zhì)上是由GISTs過(guò)度壁外生長(zhǎng)而來(lái)。已有大量的研

2、究從不同方面如臨床病理表現(xiàn)、生物學(xué)行為以及分子遺傳特征等，對(duì)GISTs進(jìn)行部位間比較。
　　microRNA（miRNA）是近年來(lái)發(fā)現(xiàn)的一類(lèi)大小約22個(gè)核苷酸的單鏈小分子RNA，通過(guò)在轉(zhuǎn)錄后水平負(fù)性調(diào)控基因的表達(dá)，廣泛參與多種生理病理過(guò)程，包括腫瘤的發(fā)生和發(fā)展。miRNA不僅在疾病分類(lèi)及預(yù)后判斷中具有重要作用，其作為潛在的治療靶點(diǎn)也越來(lái)越受重視。迄今為止，僅有少量研究關(guān)注GISTs中miRNA的表達(dá)特征，關(guān)于GISTs與EGIST

3、s在miRNA表達(dá)水平上的比較則尚未見(jiàn)報(bào)道。
　　目的：
　　比較GISTs與EGISTsmiRNA表達(dá)譜的差異，分析可能的影響因素，并篩選出相關(guān)miRNA，為GISTs在分子水平上的分類(lèi)提供依據(jù)。
　　方法：
　　1.從福爾馬林固定石蠟包埋（formalin-fixed paraffin-embedded，F(xiàn)FPE）組織中提取基因組DNA。通過(guò)PCR擴(kuò)增目的片段后直接測(cè)序，明確38例樣本的KIT和PDGFRA基

4、因突變類(lèi)型。
　　2.選取13例GISTs和7例EGISTs的FFPE標(biāo)本，利用安捷倫人miRNA表達(dá)譜芯片進(jìn)行分析，芯片覆蓋866個(gè)miRNA。
　　3.應(yīng)用非監(jiān)督層次聚類(lèi)分析明確GISTs和EGISTs的miRNA表型并探討其影響因素，同時(shí)利用t檢驗(yàn)、SAM分析等篩選相應(yīng)的差異表達(dá)miRNA。
　　4.利用生物信息學(xué)網(wǎng)站預(yù)測(cè)靶基因。
　　結(jié)果：
　　1.在38例樣本中共檢測(cè)出KIT基因突變34例，其中3

5、2例發(fā)生在外顯子11，突變形式有點(diǎn)突變、插入突變與缺失突變；2例發(fā)生在外顯子9，均為重復(fù)性突變。同時(shí)還檢出PDGFRA基因突變1例，其余3例樣本為野生型。
　　2.非監(jiān)督層次聚類(lèi)分析顯示所有樣本被分成3個(gè)簇（簇A、B和C），主要與14號(hào)染色體長(zhǎng)臂（14q）缺失和腫瘤原發(fā)部位（胃部和小腸）相關(guān)；EGISTs與GISTs在miRNA表達(dá)類(lèi)型上的差異并不顯著。
　　3.32個(gè)定位于14q32的miRNA在部分GISTs中（簇A）高

6、表達(dá)，可能起抑癌基因的作用。
　　4.篩選出17個(gè)在小腸miRNA表型（簇B）中下調(diào)的miRNA，靶基因預(yù)測(cè)結(jié)果顯示大部分參與KIT/PDGFRA信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)以及G1/S轉(zhuǎn)換期調(diào)控，可能與腫瘤的發(fā)生、演進(jìn)有關(guān)。
　　5.篩選出5個(gè)與腫瘤危險(xiǎn)度相關(guān)的miRNA，其中2個(gè)在高危GISTs中下調(diào)。
　　結(jié)論：
　　1．GISTs和EGISTs的miRNA表型相似，主要與14q缺失和腫瘤原發(fā)部位有關(guān)，可作為證據(jù)支持EGIST