胃腸道間質(zhì)瘤microRNA表達譜與相關(guān)因素分析.pdf

1、背景：
　　胃腸道間質(zhì)瘤（Gastrointestinal stromal tumors,GISTs）是最常見的胃腸道間葉源性腫瘤，可發(fā)生于消化道的各個部位，以胃部和小腸多見，有少數(shù)病例發(fā)生在消化道外的軟組織，稱為胃腸外間質(zhì)瘤（extragastrointe stinalstromal tumors，EGISTs）。關(guān)于EGISTs的起源問題，目前仍存在爭議，有觀點認為EGISTs實質(zhì)上是由GISTs過度壁外生長而來。已有大量的研

2、究從不同方面如臨床病理表現(xiàn)、生物學(xué)行為以及分子遺傳特征等，對GISTs進行部位間比較。
　　microRNA（miRNA）是近年來發(fā)現(xiàn)的一類大小約22個核苷酸的單鏈小分子RNA，通過在轉(zhuǎn)錄后水平負性調(diào)控基因的表達，廣泛參與多種生理病理過程，包括腫瘤的發(fā)生和發(fā)展。miRNA不僅在疾病分類及預(yù)后判斷中具有重要作用，其作為潛在的治療靶點也越來越受重視。迄今為止，僅有少量研究關(guān)注GISTs中miRNA的表達特征，關(guān)于GISTs與EGIST

3、s在miRNA表達水平上的比較則尚未見報道。
　　目的：
　　比較GISTs與EGISTsmiRNA表達譜的差異，分析可能的影響因素，并篩選出相關(guān)miRNA，為GISTs在分子水平上的分類提供依據(jù)。
　　方法：
　　1.從福爾馬林固定石蠟包埋（formalin-fixed paraffin-embedded，F(xiàn)FPE）組織中提取基因組DNA。通過PCR擴增目的片段后直接測序，明確38例樣本的KIT和PDGFRA基

4、因突變類型。
　　2.選取13例GISTs和7例EGISTs的FFPE標(biāo)本，利用安捷倫人miRNA表達譜芯片進行分析，芯片覆蓋866個miRNA。
　　3.應(yīng)用非監(jiān)督層次聚類分析明確GISTs和EGISTs的miRNA表型并探討其影響因素，同時利用t檢驗、SAM分析等篩選相應(yīng)的差異表達miRNA。
　　4.利用生物信息學(xué)網(wǎng)站預(yù)測靶基因。
　　結(jié)果：
　　1.在38例樣本中共檢測出KIT基因突變34例，其中3

5、2例發(fā)生在外顯子11，突變形式有點突變、插入突變與缺失突變；2例發(fā)生在外顯子9，均為重復(fù)性突變。同時還檢出PDGFRA基因突變1例，其余3例樣本為野生型。
　　2.非監(jiān)督層次聚類分析顯示所有樣本被分成3個簇（簇A、B和C），主要與14號染色體長臂（14q）缺失和腫瘤原發(fā)部位（胃部和小腸）相關(guān)；EGISTs與GISTs在miRNA表達類型上的差異并不顯著。
　　3.32個定位于14q32的miRNA在部分GISTs中（簇A）高

6、表達，可能起抑癌基因的作用。
　　4.篩選出17個在小腸miRNA表型（簇B）中下調(diào)的miRNA，靶基因預(yù)測結(jié)果顯示大部分參與KIT/PDGFRA信號轉(zhuǎn)導(dǎo)以及G1/S轉(zhuǎn)換期調(diào)控，可能與腫瘤的發(fā)生、演進有關(guān)。
　　5.篩選出5個與腫瘤危險度相關(guān)的miRNA，其中2個在高危GISTs中下調(diào)。
　　結(jié)論：
　　1．GISTs和EGISTs的miRNA表型相似，主要與14q缺失和腫瘤原發(fā)部位有關(guān)，可作為證據(jù)支持EGIST