人結(jié)直腸癌microRNA表達(dá)譜及其臨床意義的研究.pdf

1、第一部分人結(jié)直腸癌microRNAs的差異表達(dá)及其臨床意義
　　 目的：研究人結(jié)直腸癌、腺瘤和癌旁正常組織中microRNAs(miRNAs)的差異表達(dá)譜，并初步探討其臨床意義。
　　 方法：收集手術(shù)切除25例結(jié)直腸癌、10例癌旁正常結(jié)直腸組織、3例結(jié)直腸腺瘤組織液氮儲(chǔ)存。選取6例結(jié)直腸癌及其對(duì)應(yīng)癌旁正常組織，3例結(jié)直腸腺瘤，提取組織總RNA，采用illuminamicroRNA芯片技術(shù)檢測(cè)三種不同類型組織中miRNAs

2、的表達(dá)，采用實(shí)時(shí)定量PCR技術(shù)對(duì)芯片檢測(cè)結(jié)果進(jìn)行驗(yàn)證。將結(jié)直腸癌組織中異常表達(dá)的miRNAs與結(jié)直腸癌患者的臨床病理資料進(jìn)行分析。
　　 結(jié)果：三種不同類型組織中miRNAs表達(dá)有明顯差異，結(jié)直腸癌與癌旁正常組織相比，有65個(gè)miRNAs表達(dá)異常(P<0.001)，其中35個(gè)上調(diào)，30個(gè)下調(diào)，而腺瘤與正常結(jié)直腸組織相比，有55個(gè)miRNAs表達(dá)差異(P<0.001)，其中上調(diào)29個(gè)，下調(diào)26個(gè)。有25個(gè)miRNAs相對(duì)于正常組織

3、同時(shí)在結(jié)直腸癌和腺瘤中異常表達(dá)，其中高表達(dá)12個(gè)，分別為miR-592，miR-96，miR－801:9.1，miR-31，miR-135b，miR-660，miR-452*:9.1，miR-183*，miR-16-1*，miR-21*，miR-182*，miR-17*，低表達(dá)有13個(gè)，分別為miR-29b-2*，miR-195*，miR-9*，miR-885-5p，miR-328，miR－766，miR-30a*,miR-139-3p

4、,miR-9,miR-1,miR-490-5p,miR-490-3p,miR-187。與腺瘤相比，結(jié)直腸癌中有25個(gè)miRNAs表達(dá)異常（P<0.01），其中13個(gè)上調(diào)，12個(gè)下調(diào)。進(jìn)一步定量PCR驗(yàn)證結(jié)果顯示與正常結(jié)直腸粘膜組織相比，在癌組織中miR-552，miR-142-3p上調(diào)(P<0.05)，miR-139-3p和miR-133b下調(diào)(P<0.05)，與芯片結(jié)果相吻合。經(jīng)過(guò)與臨床病理資料之間的分析我們發(fā)現(xiàn)，miR-552和mi

5、R-139-3p與年齡、性別、組織學(xué)、腫瘤大小和浸潤(rùn)深度無(wú)關(guān)(P>0.05)，而miR-552與TNM分期、淋巴結(jié)和遠(yuǎn)處轉(zhuǎn)移相關(guān)(P<0.05)，miR-139-3P與TNM分期和遠(yuǎn)處轉(zhuǎn)移相關(guān)(P<0.05)，miR-142-3p除與組織學(xué)有關(guān)外與其它臨床病理資料無(wú)關(guān)，miR-133b與年齡相關(guān)，而與其它臨床參數(shù)無(wú)關(guān)。
　　 結(jié)論：MicroRNAs參與了結(jié)直腸的癌變過(guò)程，特異的miRNAs的表達(dá)可能成為結(jié)直腸癌潛在的早期診斷和

6、治療新靶點(diǎn)，其中miR-552和miR-139-3p在結(jié)直腸癌中的異常表達(dá)可能具有潛在的預(yù)后意義，而miR-142-3P的異常表達(dá)可能與結(jié)直腸癌組織的惡性進(jìn)展有關(guān)。
　　 第二部分人肝轉(zhuǎn)移結(jié)直腸癌的microRNAs表達(dá)譜研究
　　 目的：研究人肝轉(zhuǎn)移結(jié)直腸癌、無(wú)肝轉(zhuǎn)移結(jié)直腸癌中miRNAs的表達(dá)譜，篩選與結(jié)直腸癌肝轉(zhuǎn)移相關(guān)的miRNAs。
　　 方法：收集25例手術(shù)切除結(jié)直腸癌標(biāo)本液氮儲(chǔ)存。分別選取3例無(wú)肝轉(zhuǎn)移

7、和3例肝轉(zhuǎn)移結(jié)直腸癌組織，提取組織總RNA，采用illuminamicroRNA芯片技術(shù)檢測(cè)兩種組織中miRNAs的表達(dá)，篩選兩種不同組織中差異表達(dá)miRNAs，采用實(shí)時(shí)定量PCR技術(shù)在全部結(jié)直腸癌組織中對(duì)芯片檢測(cè)結(jié)果進(jìn)行驗(yàn)證。
　　 結(jié)果：肝轉(zhuǎn)移結(jié)直腸癌組織與無(wú)肝轉(zhuǎn)移結(jié)直腸癌組織中miRNAs表達(dá)有明顯差異，與無(wú)肝轉(zhuǎn)移結(jié)直腸癌組織相比，在肝轉(zhuǎn)移結(jié)直腸癌組織中差異表達(dá)的miRNAs有28個(gè)(P<0.001)，其中4個(gè)上調(diào)，24個(gè)

8、下調(diào)。進(jìn)一步定量PCR驗(yàn)證結(jié)果顯示miR-139-3p在肝轉(zhuǎn)移結(jié)直腸癌組織中上調(diào)(P<0.05)，而miR-19a下調(diào)(P<0.05)，與芯片結(jié)果相吻合。
　　 結(jié)論：MieroRNAs不僅參與了結(jié)直腸的癌變過(guò)程，而且可能與結(jié)直腸癌的肝轉(zhuǎn)移有關(guān)，特異的miRNAs表達(dá)譜可以為結(jié)直腸癌的肝轉(zhuǎn)移提供新的診斷和治療靶點(diǎn)。
　　 第三部分人結(jié)直腸癌中差異microRNAs靶基因的生物信息學(xué)分析
　　 目的：探討人結(jié)直腸癌

9、組織中以及肝轉(zhuǎn)移結(jié)直腸癌組織中異常表達(dá)的miRNAs的靶基因，并對(duì)其靶基因進(jìn)行生物信息學(xué)分析。
　　 方法：根據(jù)microRNA芯片檢測(cè)結(jié)果，取篩選得到的結(jié)直腸癌組織和肝轉(zhuǎn)移結(jié)直腸癌組織差異表達(dá)miRNAs，基于SangerMicroRNA數(shù)據(jù)庫(kù)，進(jìn)行靶基因預(yù)測(cè)，得到差異miRNAs調(diào)控的靶基因。取差異miRNAs調(diào)控的靶基因，利用NCBI上的Unigene數(shù)據(jù)庫(kù)，篩選在腸中特異性表達(dá)的靶基因，分別得到差異miRNAs調(diào)控的在腸

10、中特異性表達(dá)的靶基因。取差異miRNAs調(diào)控的在腸中特異性表達(dá)的基因進(jìn)行功能顯著性分析，基于GeneOntology數(shù)據(jù)庫(kù)，對(duì)靶基因進(jìn)行功能注釋，同時(shí)，基于數(shù)據(jù)庫(kù)KEGG，對(duì)差異miRNAs調(diào)控的這部分基因進(jìn)行Pathway注釋，得到靶基因參與的所有Pathway。取顯著性GO和Pathway分析所屬的基因和差異miRNAs，基于miRNAs與基因的屬性，利用兩者之間的調(diào)控關(guān)系，構(gòu)建miRNAs與基因的調(diào)控網(wǎng)絡(luò)
　　 結(jié)果：通過(guò)

11、數(shù)據(jù)庫(kù)分析得出異常表達(dá)miRNAs在腸中特異表達(dá)的靶基因，發(fā)現(xiàn)每個(gè)miRNA可調(diào)控多個(gè)靶基因，而每個(gè)靶基因也受到多個(gè)miRNAs的調(diào)控。對(duì)靶基因進(jìn)行GeneOntology(GO)和Pathway的顯著性分析，得到了相應(yīng)的顯著性的G0s和Pathways及其所屬的基因，其中在結(jié)直腸癌組織中有64條pathway受上調(diào)miRNAs調(diào)控，73條pathway受下調(diào)miNRAs調(diào)控，而在肝轉(zhuǎn)移結(jié)直腸癌中有26條pathway受上調(diào)miRNAs