傳染性法氏囊病病毒浙江分離株（TL2004）全基因組的克隆及生物信息學(xué)分析.pdf

1、傳染性法氏囊病(Infectious bursal disease，IBD)是由傳染性法氏囊病病毒(Infectious bursal disease virus，IBDV)引起的急性接觸性傳染病，是危害世界養(yǎng)禽業(yè)的主要傳染病之一。IBDV主要侵害雛雞的中樞免疫器官一法氏囊，導(dǎo)致免疫抑制。用弱毒苗和滅活苗免疫雞群是目前防治IBD的主要方法，但隨著IBDV變異株與超強(qiáng)毒株的出現(xiàn)，免疫失敗常有發(fā)生。 從浙江省杭州某IBDV疫苗免疫后

2、雞場(chǎng)暴發(fā)疑似傳染性法氏囊病的雞群中采集法氏囊病料，分離病毒，經(jīng)瓊脂免疫擴(kuò)散試驗(yàn)、間接ELISA、雞胚回歸試驗(yàn)和電鏡觀察等證實(shí)所分離的這株(TL2004)野毒是傳染性法氏囊病病毒，該毒株在抗原性和毒力上都表現(xiàn)出一些新特征，需要進(jìn)一步在分子水平進(jìn)行研究。 以傳染IBDV TL2004株(野毒株)基因組dsRNA為模板，采用Long-accurate RT-PCR(LA-PCR)一步法擴(kuò)增了病毒的基因組A節(jié)段和B節(jié)段的全長(zhǎng)cDNA。A

3、節(jié)段全長(zhǎng)3260nt，包括5’、3’端的非編碼區(qū)(NCR)和2個(gè)部分重疊的開(kāi)放閱讀框(ORFAl和ORFA2)。B節(jié)段全長(zhǎng)2827nt，包括5’、3’端的非編碼區(qū)(NCR)和1個(gè)開(kāi)放性的閱讀框(ORF)。二級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)表明，A節(jié)段和B節(jié)段的5’、3’端非編碼區(qū)均存在一個(gè)大型的發(fā)夾環(huán)結(jié)構(gòu)。ORFAl和ORFA2分別編碼1012個(gè)氨基酸的VP2-VP4-VP3和145個(gè)氨基酸VP5，B節(jié)段ORF編碼一個(gè)879個(gè)氨基酸的VPl。在氨基酸水平上，

4、VP1、VP2、VP3、VP4和VP5與參比I毒株的同源性分別為94.4％～99.3％、93.4％～99.6％、94.2％～99.2％、95.9％～99.6％、94.5％～99.3％。TL2004共有36個(gè)氨基酸的替代，其中大部分位于VP2和VP1。VP2的第2個(gè)小的親水區(qū)內(nèi)279位S替代了N、290位M替代了L，這兩個(gè)突變可能與IBDV的抗原性漂變有關(guān)。VP1具有超強(qiáng)毒株所特有8個(gè)氨基酸，并且518位的R和525位的D為該毒株所獨(dú)有。

5、同源性分析提示，TL2004的基因組A節(jié)段與歐洲的CEF94、中國(guó)的JD1、HZ2和NB親緣關(guān)系較近，基因組B節(jié)段卻與超強(qiáng)毒株BD3/99和UK661的親緣關(guān)系較近。以上分析提示，TL2004可能是由于IBDV超強(qiáng)毒株的基因組B節(jié)段和弱毒株的基因組A節(jié)段在自然界中進(jìn)行基因重配后產(chǎn)生的新毒株。 本研究用一步法直接從雞胚尿囊液中快速克隆了IBDV浙江分離株(TL2004)基因組全長(zhǎng)cDNA，對(duì)其基因組結(jié)構(gòu)、抗原、毒力變異的分子基礎(chǔ)進(jìn)