豬偽狂犬病病毒gC基因的克隆及生物信息學(xué)分析.pdf

1、本實驗提取了四川農(nóng)業(yè)大學(xué)動物生物技術(shù)中心保存的Fa株、疫苗株783株、Bartha株和SA215株，四川野毒株SN株、SS株、SQ株、SL株和SCZ株，以及由韶關(guān)學(xué)院英東生物工程學(xué)院婁高明教授惠贈的北京BJ株、廣東DG株、湖北HS株共計12株豬偽狂犬病病毒株的DNA并作為模板，應(yīng)用PCR技術(shù)分別擴(kuò)增得到了12條偽狂犬病毒完整的gC基因的片段?；厥誔CR產(chǎn)物，成功連接轉(zhuǎn)化到感受態(tài)細(xì)胞大腸桿菌DH5α中，并通過菌落PCR和酶切鑒定正確后，送

2、生物公司進(jìn)行測序。 將所得12條序列連同GenBank中登錄的6條gC基因全序列共18條基因序列，使用生物軟件對gC基因核苷酸序列的同源性、突變區(qū)域的定位、遺傳進(jìn)化關(guān)系、酶切位點(diǎn)的差異、密碼子偏愛性、氨基酸序列的同源性、蛋白質(zhì)親水性、抗原表位分析、二級結(jié)構(gòu)和三級結(jié)構(gòu)預(yù)測等生物信息學(xué)內(nèi)容進(jìn)行分析。結(jié)果表明：PRV-gC基因的開放閱讀框的核苷酸長度在1437bp～1464bp之間，氨基酸長度在478～487個之間，核苷酸同源性在94

3、.9％～100％之間，氨基酸的同源性在90.2％～100％之間；在核酸175～222位存在高變?nèi)笔^(qū)，其中共有8個堿基突變和21個堿基的插入或缺失；在遺傳進(jìn)化關(guān)系上，四川地區(qū)流行的毒株與日本、歐美毒株有較近的親緣關(guān)系，而我國其它地區(qū)的毒株間的遺傳相關(guān)性較高，但與日本、歐美洲毒株親緣關(guān)系較遠(yuǎn)；在18條PRV.gC基因核苷酸序列中均沒有發(fā)現(xiàn)HindIII酶切位點(diǎn)，同時Fa株、DG株、SA215株、BJ株、MinA株和Ea株也沒有BamHI位